人的大腦能否控制身體所有部位，包括細胞組織？如果不能，它又是如何調動身體肌肉和骨骼運動的呢？
不能，大腦對人體的主動控制能力非常有限，幾乎僅限於骨骼肌。像平滑肌和心肌的運動大腦就完全無法主動控制，更不要說細胞級的精細控制了。當然了，在極端情況下大腦是可以對這些細小單位施加影響的，譬如一個人決定做一些危險的事情，那細胞當然會被殺死。
神經系統在控制骨骼肌運動的時候，並不需要（也不可能）對人體所有的微小結構進行事無巨細的操縱。它的主要方式是驅動神經元細胞產生神經脈衝，然後這些脈衝會驅動骨骼肌收縮，進而產生運動所需要的力。這個控制的通路並不複雜，但決定其控制演算法的大腦工作原理卻尚待研究。
另外需要指出一個有點驚人的事實：「大腦很慢」！骨骼肌的運動控制是一項對時效性要求很高的任務，如果肢體中產生的感知信號必須傳回大腦、經過處理、再轉化成神經脈衝傳回肌肉，往往已經超時了。所以如果深入研究的話，會發現很多運動控制的功能是在小腦和脊髓中完成的，這些子系統雖然不如大腦的複雜程度高，但信號延時和處理速度卻遠遠強於大腦。有點類似於 GPU 和 CPU的關係。
我所從事的「神經運動控制」領域的研究正是為了解決這些問題而建立，有興趣的話樓主可以再提一些具體的問題我來回答。根據題主的問法，我把它修改為以下幾個問題：①人腦能控制身體哪些部位？②身體肌肉和骨骼是怎樣被調控運動的？③細胞、組織的活動（這裡包括機械運動以及功能性分泌活動等）是怎麼調控的？
大家想到的人腦可能類似於這樣：（側面觀）
和這樣：（側面觀）
可以看到，腦的結構像是一個棒槌上扣了一個頭盔（好爛的比喻大家意會就好……）將腦從正中豎直劈開的話就是這樣：
於是我們來了解一下腦被分為了幾個部分：（如上圖所示）
大腦（頭盔）
小腦（頭盔下突出的那一坨，不如叫它頭盔附件？囧）
腦幹（棒槌的下半截，因為棒槌頭部被屬為大腦了）
和腦幹相連的就是脊髓，（沒錯就是你想像的從頭部延續下來經過脖子通過背部腰部一直達到腰部以下的那根白色的東西~~），脊髓會被保護在一節一節脊椎骨里，一直到腰部方止。
嗯，腦+脊髓，構成人體的中樞神經系統，從腦和脊髓發出的一些神經分布到全身各處，主要包括骨骼肌、內臟、腺體等，這些叫做周圍神經系統。大概像這樣：
嗯其實比這個要密集得多啊，看起來是全身都布滿了網路一樣的。
以上是結構上的劃分。
從功能上來講，上述的結構可以簡單認為都由神經元構成。信號的傳遞就是：一個神經元接另一個神經元，這樣把信號一級一級傳下去，直到最後一個神經元把信號傳給所調控的部位。
我們已經知道：神經可以分為中樞神經和周圍神經，簡單說來，腦和脊髓里的就是中樞神經，從腦和脊髓發出來的就是周圍神經。
而中樞神經里，腦是比脊髓更高一級的控制中心。腦發出信號傳導給脊髓，再由周圍神經傳給所控制的部位。【當然我們體內也有很多簡單到不需要大腦參與的反射，比如你的手被針扎了，在你感覺到痛之前你就已經把手縮回來了。這裡「感覺到痛」是「手被針扎」這個信號傳導你的大腦皮層感受到的；除此之外，這個信號還直接在脊髓里繞了一圈之後又出來，進入控制手部肌肉的神經元里，於是「手縮回來」了。所以其實不是你把手收縮回來，而是手自己縮回來的~！你還傻傻的過一會兒才感覺到痛~！不過這個過程是極短的，很多人都分不清~】
於是我們現在可以回答第一個問題：人腦能控制身體哪些部位？
答：包括我們能意識到的骨骼肌的運動，以及更多的我們感覺不到的心血管系統、呼吸系統、晝夜節律、水鹽平衡、內分泌等極為重要的調節。幾乎人體所有重要的功能結構都會直接或間接受到腦的調節。
第二個問題：身體肌肉和骨骼是怎樣被調控運動的？
答：身體肌肉準確來講分為骨骼肌、心肌（心臟的肌肉）、平滑肌（構成內臟啊什麼的肌肉）。心肌和平滑肌又被統稱為不隨意肌，就是不能隨意支配、你感受不到的意思~由大腦皮層以外的一些部位的控制，例如脊神經；骨骼肌受意識支配，由大腦控制，（當然也有剛剛講的不受意識支配直接縮回來的那種情況）；骨骼是怎麼運動的呢？當然骨骼上也直接連有神經，不過這個並不能讓骨骼移動。骨骼運動其實是因為骨骼肌收縮啊！大多數骨骼肌兩端是附著在不同的骨骼上的，平常大家舒張的時候相安無事，骨頭就安安靜靜地呆在那，骨骼肌受神經控制收縮的時候，兩塊骨骼就會受到驅使繞著關節旋轉，靠得近一點以適應骨骼肌的收縮。於是這就產生了骨骼的屈、伸運動。
最後一個問題：細胞、組織的活動（這裡包括機械運動以及功能性分泌活動等）是怎麼調控的？
答：其實前面都多多少少提到了一點。我們默認這裡的細胞不包括那些直接由神經元控制的細胞。於是這就涉及到體內除神經調節以外另一極其重要的調控機制：內分泌調節。簡單地講就是人體內有許多種激素，每種激素跑到自己能控制的那種細胞面前告訴它該幹啥幹啥，然後那個細胞就改變自己的代謝狀態了23333。
這就是怎樣調控細胞的。在沒有神經、激素調控的情況下，我們的細胞也生來就會按照職責工作的，合成、分泌蛋白啥的，因為DNA已經告訴它該怎麼做了~！hhh
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大二醫學狗一枚，知識有限，所述有錯誤之處懇請指正！
第一次答題，心情有點小激動~從2014寫到了2015，哈哈，希望新的一年是充滿學術氣息的一年！新年快樂！?
不能。
首先調控身體活動的主要中樞並不都是大腦，或者說是神機系統更為準確吧。神經系統主要有感覺機能、運動機能和記憶學習等高級機能。
簡述一下骨骼肌收縮的過程吧。
首先必須有運動神經衝動傳至末梢（軸突末）→N末梢對Ca2+通透性增加Ca2+內流入N末梢內（膜內）→接頭前膜內囊泡向前摸移動、融合、破裂→囊泡內的乙醯膽鹼釋放入接頭間隙→乙醯膽鹼與終板膜受體結合→受體構型改變→終板膜對Na+、K+（尤其是Na+）的通透性增加→產生終板電位（EPP）→EPP引起肌膜AP→肌膜AP沿橫管膜傳至三聯管→終池膜上的鈣離子開放肌質網側囊Ca2+進入肌漿→Ca2+濃度由10-7mol激活到10-6，與肌鈣蛋白結合引起構型改變→原肌球蛋白髮生位移暴露出細肌絲上與橫橋結合位點→橫橋與結合位點結合激活ATP酶作用。分解ATP→橫橋擺動→牽拉細肌絲朝肌節中央滑行→肌節縮短==肌細胞收縮→Ca2+濃度下降，肌鈣蛋白重新抑制橫橋附著活動，肌肉舒張。
簡單的說就是產生這個動機之後，Ca離子促使乙醯膽鹼釋放，進而影響膜的通透性產生電位。通過電位的擴布傳至指定位置。肌肉呢，是類似於我們雙手十指相互交叉滑行運動的。通過橫橋的作用來牽引肌節滑行，進一步產生肌肉運動。
另外，我覺得人體的控制是很精妙，與其說不能控制所以的部位不如說是不需要，一些簡單的非條件反射就是與生俱來的，更細緻的控制無疑是一種浪費，這樣看來現存的生理模式是最簡化而有效的。
這個具體可以參考一下動物生理學的內容。
首先，人腦可能是宇宙中最為複雜的結構，關於其工作原理仍然知之甚少
然後，調動骨骼肌收縮是大腦的工作。大腦還能調動腸道，內臟之類的肌肉活動，但注意這部分活動是自主性的，不受意識控制的（你試試現在憋住心跳）。大腦如何調動肌肉，和你如何調動肌肉這兩個概念有些不同，請注意下。這種區別體現在很多方面。我們暫且先討論大腦而非意識對身體的操控。
其次人體由細胞構成，那麼大腦的操控作用當然也體現在細胞上了。但這並不意味著大腦就可以操縱細胞。打個比方，大腦靠神經和激素控制唾液腺分泌口水，這種作用體現在大腦分泌的激素被唾液腺細胞接收。但這難道就意味著大腦可以操縱某個唾液腺細胞嗎？當然不是，大腦不可能精確的指名某個細胞，它只能向全身釋放激素，然後期待唾液腺細胞收到。（純粹胡說舉例，事實遠比這複雜）個人覺得，就像父母讓你去結婚，跟他們操縱你去結婚是兩個不一樣的概念。每個細胞都是個精巧複雜的作品，大腦的調控也只是給予這樣一個信號，至於怎麼分泌，分泌多少，細胞內部自有調控和平衡。
再說一些別的，我們應該都有肌肉不由自主的亂跳的情況，也就是說，大腦的調控也不是完全精確的，會有各種干擾和偏差。
還有，一個細胞從血液中取走氧氣，還回去二氧化碳，這種極其細微的過程，大腦（基本上）當然是沒功夫管啦～人家還要做高數題呢怎麼有心情管你這個！你的細胞能分裂多少次，這種強人所難的事，大腦就是想管也管不了啊！
綜上所述，人體就像一個大社會，每個人都是細胞，大腦就是參議院，它只能鼓勵你工作，鼓勵或限制你生小孩，防止你跟蒼老師做大保健，但是對於你今天出門是穿紅內內還是穿白內內呢，它就真的管不到啦～
題主你想用大腦控制海綿體的細胞嗎？
如果你能控制自己的細胞的話……那你就想變成什麼樣就變成什麼樣了不是么……
上帝造人的時候就和我們寫程序差不多吧。寫太多了太麻煩了，用方法包裹代碼塊，整理出介面。
大腦的新皮層就調用一些封裝好的介面（比如骨骼肌）來用，要改系統底層從新皮層明顯不行的，還得從腦幹改起，就像你要root，要麼找新皮層的漏洞，要麼在腦幹里動文章，開發新的介面給新皮層，比如說：控制心臟。
將在外，軍令有所不受！想不射，辦不到……
我的大腦不能控制我的手淘寶
不要root
1，人類有很多人會失眠。
2，人類在失眠的時候會輾轉反側。
說一個有意思的想法。
人的身體很像是一個操作系統，大腦就是管理員，雖然管理員擁有所謂的最高許可權，但是他不是系統的製造者，沒有修改系統底層文件的許可權。我們設想如果能夠控制身體的一切：
我們能夠多分泌一點生長激素，矮個子不用擔心長不高了（還有性激素，那啥可以更大了23333）。
運動員不需要興奮劑就可以使自己更加興奮，從而發揮更好的水平。
生死關頭可以爆發出更大的力量，從而提高生存機率。
可以控制多長點肌肉、少長點脂肪，可以更快地進入睡眠，可以控制心跳玩假死，緊張再也不會發抖了，見女生再也不會臉紅了······
但是，就像手機root或者越獄一樣，root之後，就擁有了更多的功能，但是手機也會變的不穩定起來。
舉個例子，如果可以控制所有腺體，想要分泌多一點生長素，大腦也不知道應該調節多少，一不小心過量，就會把自己玩死，操作系統就崩潰了。
所以這些大腦不知道怎麼調節的部分，還是交給操作系統自己完成吧。
開一下腦洞：氣功或者瑜伽什麼的，號稱可以皮膚呼吸，隔山打牛的本事，說不定就是不完美越獄呢2333333
有感而答～程序員能否控制計算機硬體的每一個單位？若不能程序員又是如何編程的呢？
醫學生告訴你，就傳出神經而言，按解剖學分類可分為自主神經系統（也稱植物神經系統）和運動神經系統。植物神經系統包括交感神經與副交感神經：支配心臟平滑肌和腺體等效應器。植物神經支配的特點為非隨意性，如心臟排血，腺體分泌與平滑肌收縮等。運動神經系統支配骨骼肌，其特點為隨意的，如控制肌肉運動等。
（第一次髮長帖，趕腳有些激動，使用手機多有不便）呃呃，作為一個以神經研究見長的大學裡的本科生，我不得不@樓上米糯牛，趕腳你的回答中有一些不太準確，譬如，大多數運動中樞在小腦和間腦，但其實我趕腳以小腦為例，其實小腦分古，舊，新，三部分小腦，其中僅有古小腦有這位老兄所述的功能（可自行百度去大腦僵直），而體積較大的舊，新小腦只是通過調整椎體系，以及椎體外系的功能作出對運動的調整，注意，如果按你所說的運動主要是靠非端腦部分，那請問一下如何解釋內囊損傷後的三偏綜合症？
我也想能啊！！！堅持不懈倆小時！！！
如果每個細胞都被控制了，那人很牛逼了。
如果你能控制自己的心率心律。。。。。那就是bug了
機體內存在專門的運動傳導通路，通過皮質脊髓束可以傳導神經衝動，從而支配骨骼肌的運動。肌組織有三類，骨骼肌，平滑肌，心肌。只有骨骼肌是隨意肌，可以自由的控制。
人體的所有組織都是受中秋神經系統支配的，但是大腦只是中樞神經系統的一部分，像一些重要功能的中樞調節是在腦幹。另外，題主的題目基本等同於「人的意識能否支配全身」，明顯不能，心臟不會在你睡覺時停跳就是個例子。
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