如何避免嬰兒感染父母的口腔、腸道菌群？

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有的父母口臭或腸胃功能紊亂，不知道這是不是跟菌群有關？如果嬰幼兒避免從父母獲得這些菌群的話，是不是也就避免了這些問題？但是否會因此造成消化不良食物不耐受等新的問題？

謝邀。工作關係很久沒有來知乎，不好意思。
題主的問題很好。
從我的理解來看裡面有三個小問題:
1.口臭或者胃腸功能紊亂是否和菌群有關？
消化系統的定植菌群的確和疾病有關係。現在研究的最確切的就是幽門螺旋桿菌。它是胃潰瘍的主要致病菌，在密切的接觸後是有可能在家人之間互相傳播的。而齲齒的發生也被認為是與口腔內一些細菌有一定關係。
所以是有關係的。但並不是所有的疾病都有這樣的致病菌存在。
2.如何避免孩子感染到父母口腔腸道細菌？
如果家長有消化道疾病，最好不要口對口給孩子餵食。尤其不要自己將食物嚼爛了餵給孩子吃。這樣子傳播的可能性會比較大。注意用餐衛生，餐前洗手。就可以了。
其他的不需要特殊注意。消化道的細菌一般需要經口進入體內，所以也不用特別緊張。
3.會不會出現其他消化不良的問題呢
我們生活的環境裡面其實充滿了細菌。在新生兒生後的第一天，他自己消化道內的菌群就開始建立了。每個人體內都有個十分奇妙的共生系統，數以萬億計的細菌共生在我們的腸道內，參與了消化、吸收、抵禦疾病等等的重要的過程。
而這個系統不會因為多洗幾次手就不存在的。
主要注意要避免的是致病菌的進入。

口臭的原因很多，生理性，病理性的都有。比較常見的口腔異味原因其實是食物的腐敗或發酵，這一過程當然是有細菌參與的。
新生兒牙齒尚未萌出，所以不必擔心齲齒的問題（菌斑附著----齲齒）。
唾液的交換過程必然會導致細菌，病毒的交換，從這一角度不鼓勵父母與新生兒的口對口餵食行為。但是也有關於唾液交換過程會交換某些抗體的研究（貌似是關於接吻的），此處真偽不可考，如果有內行歡迎解釋一下。

幾乎避免不了，菌群就是主要繼承自父母。不過這也不是什麼大問題。隨著孩子慢慢長大，ta會建立自己的菌群。就算是有引起腸道疾病口腔疾病的菌群，也不是肯定會患病。要想孩子的菌群健康，不得病，可以讓小孩多接觸大自然。人多的地方不要去，以免得傳染病。盡量少用抗生素。
最近在研究菌群，一點個人意見。