如何總結和整理學術文獻?

各位學術大牛們,本人碩士在讀,在通往博士的不歸路上,請問各位如何總結和整理學術先行文獻的?(總感覺有些文獻讀過就忘記了,想用的時候想不起來)有什麼好用的軟體,感謝分享!

本問題已收錄進圓桌:動態 - 將科學研究進行到底

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在我看來,當搜集的文獻多的時候,再牛逼的分類分組方法也失去了最初期待的功能,這是因為每一個「分類」下面都會有很多文章,其實這種情況下根本沒有辦法通過「分類分組」清晰的提取進一步的信息。

與其給 PDF 分類,真不如讀完文章之後好好整理「讀後的 notes」,以後需要什麼內容就直接在 notes 裡面搜索。notes 記在印象筆記裡面就行(雖然印象筆記的搜索功能還處在初級的關鍵字匹配階段,但還算夠用)。

首先和大家說,我讀的是 Computer Science 相關的文獻, 不是很清楚其他專業的文獻是否可以用同樣的方法來整理 notes。不過工科理科專業應該差不多的。OK,現在開始。

*** 1. 需要在 notes 裡面清楚的標註文章的 title,作者信息,和會議信息 ***
那麼問題來了,應該用什麼樣的格式來放置這些數據呢?
在這一步推薦使用 dblp(http://dblp.uni-trier.de/),但 dblp 本身並不支持按照文章 title 搜索,所以我們在這裡取一個巧,用 Google 裡面的「關鍵字+site:[domain]」功能間接的在 dblp 中按文章 title 搜索。
(如果是非 CS 專業的,也可以通過類似的方法藉助 Google 來間接搜索索引類網站,因為這種方法受網站自身內容影響,效果不一定特別好。
註:複製下來的文章標題一定要全+規範,可以提高未來搜索 note 內容時的準確性。)
例如,我們要讀一篇名為「eBay in the Sky: Strategy-Proof Wireless Spectrum Auctions」的文獻,我們就在 Google 中輸入

"eBay in the Sky: Strategy-Proof Wireless Spectrum Auctions site:http://www.informatik.uni-trier.de"

進行搜索。我們點擊第一個鏈接便可以看到如下頁面,

然後我們直接複製紅框當中的內容到印象筆記就OK。這樣一來我們便有了

然後我們直接複製紅框當中的內容到印象筆記就OK。這樣一來我們便有了準確+規範化的「文章題目,文章作者,以及文章所在會議」

*** 2. 總結文章內容 ***
記錄好了文章的基本信息,下一步便是閱讀文章。
目前(2015年04月),我通過問自己以下幾個問題來保證「閱讀過程當中思路不跑偏」:
1. What is the problem?
2. Why is the problem interesting?
3. Why is the problem unsolved?
4. What is the authors" idea?

可能有時候會認為:「一篇還比較重要的文章,我就從頭到尾一點一點去看,然後看完第一段看第二段,直至看完」。

但其實這樣的做法是有點問題的,因為很可能讀到中間還不知道這篇文章到底在講什麼。這樣就很「致命」。

「致命」是因為,在沒有掌握文章的基本邏輯的時候,就很難分辨出什麼部分是重點,什麼部分不是重點。雖然說文章內容都有其意義,但是意義的重要程度卻不盡相同。所以推薦先使用上面四個問題來理順文章框架,然後再針對感興趣的內容仔細研讀文章。


[精力有限,慢慢一點點的分享給大家嘍]
如果大家覺得我寫的對整理文獻有一點啟發,歡迎點贊!等我有空會持續更新 :)

--- ChangeLog 2015-04-25 19:42:11 ---
修改了原來答案當中不通順的語句


第一次在知乎答題。。。

我認為整理文獻的主要目的就是:能夠在任何條件下,快速找到所需信息。任何好用的軟體,都不如大批量多批次的文獻閱讀。

我的思路是:輕整理,重搜索。輕整理,是指不對文獻分類,或者只是對文獻簡單分類。重搜索,是指利用不同的搜索工具,快速定位到我需要的文獻。我認為在現在搜索技術已經很強大的情況下,如果利用筆記等手段整理,反而容易造成條條框框,在對於一篇文獻關注太長的時間,不利於提高效率。在日常使用中, 除了在文獻PDF上直接標註,我很少用其他的軟體去記錄我看過的文獻。因為除了文獻本身,其他還有什麼載體能夠那麼直接方便地記錄呢?所以整理文獻問題就成了:如何快速找出那篇有我筆記的PDF文獻以此為目的,我建立了一套以文獻PDF雲同步為基礎,輔以大量搜索工具的文獻整理方案。

其實做過科研工作的人都會發現,其實真正需要把一篇文獻從頭到尾讀完的情況是很少的。在大多數情況下,我們需要的其實是大批量多輪次地閱讀文獻,因為在一個項目的不同階段,哪怕是同一篇文獻,所關注的點也是不一樣的。如果在項目初期,就對所有的文獻,都投入同樣的時間,閱讀同樣的深度,勢必會浪費大量時間和做無用功。我曾經也走過文獻整理的彎路,每閱讀一篇文獻,都會在Onenote上建立一個條目,按照文獻題目,創新點,實驗過程,個人感想等分別填空。但是文獻讀的多了之後,這個方法我覺得效率不高,用的頻率也越來越少了。

我現在的主要方法是:以Mendeley建立電子文獻索引為主,並以雲端同步PDF文獻為主要儲存手段,通過Everything,Google Scholar,桌面搜索軟體,Onenote筆記等多種搜索手段,快速找到自己所要的信息。

==================乾貨開始=====================
**重搜索部分**
在新項目(寫一篇綜述,開始一個新課題或者完成一份大作業)開始之前,我會在Mendeley中根據不同項目,建立一個新文件夾。


一個項目剛開始的時候,文件夾中沒有文獻,就需要先建立一份本地的文獻原始積累。我習慣在Web of Science上根據關鍵詞去找所需要的文獻。
比如我現在想看一下微流控單細胞測序(microfluidic single cell sequencing)最近的進展時,就去WoS搜:

總共有214篇文獻。我會把214篇文獻的題目先全部瀏覽一遍,其中大概100篇需要下載看一下PDF。最後我會剩下大概50篇左右PDF,拖進Mendeley,建立原始的文獻積累。Mendeley會自動提取文獻信息,按照文獻的發表年份,期刊,和文章題目將文獻重命名,並將該文獻自動整理到指定文件夾中,完成文獻的原始積累。

總共有214篇文獻。我會把214篇文獻的題目先全部瀏覽一遍,其中大概100篇需要下載看一下PDF。最後我會剩下大概50篇左右PDF,拖進Mendeley,建立原始的文獻積累。Mendeley會自動提取文獻信息,按照文獻的發表年份,期刊,和文章題目將文獻重命名,並將該文獻自動整理到指定文件夾中,完成文獻的原始積累。
其他回答中提到了用Endnote。我用Mendeley而不是Endnote做文獻索引,主要是因為:Mendeley是我用過所有的文獻整理軟體中,提取文章題目,發表年份和期刊等信息最準確和方便的軟體。看到一篇有意思的文章,我只需要往Mendeley中一拖,它就會幫我自動提取文獻信息建立條目,並將文件拷貝到指定文件夾中。其他的軟體,要麼是提取文獻條目的準確度不高,要麼就是建立文獻條目非常麻煩,需要花大量的時間去建立條目,大大降低文獻閱讀效率。

我又將這個Mendeley的文件夾中所有文獻用dropbox同步。之後我要看文獻時,只從這個文件夾中打開文獻。這樣做的好處就是,把所有的文獻和筆記信息全部集中化了,不會造成信息碎片。


做筆記我也只在PDF上做,這樣就不用另外開一個軟體寫筆記,並可以對自己感興趣的信息直接標註,實現信息最大程度集中化。哪怕列印了紙版的文獻,我在看完後也會把紙版上的筆記全部在PDF上標註,避免信息碎片化。


我看一篇文獻,除了一些世界上的頂尖超級大牛,一般記不住作者的名字,但是我一般會對文章發表年份和所在期刊有很深的印象。而且一般題目又提供了文章中最主要的信息。所以我設置Mendeley自動根據文獻的三個強信息:發表年,發表期刊,和文章題目自動重命名,並結合everything,在本地實現文獻的第一重搜索。
如果搜索目標很明確,比如我現在想找一篇之前在Nature Drug Review上看過的關於drug combination的文章,由於關鍵詞很明確,用Everything直接就從本地找到了,耗時不超過3秒。


如果搜索目標不那麼明確,比如題主說的,「總感覺有些文獻讀過就忘記了,想用的時候想不起來」;或者找找一些特定的問題,不確定本地文獻有沒有。這個時候我一般會把所有能想到的關鍵詞輸入,上Google Scholar搜索。
這個時候,可能會找到一些文獻在本地是有的,那就可以根據文獻名,用Everything快速在本地找到對應的文獻。

如果一些文獻本地沒有,那就直接下載PDF,閱讀後在Mendeley建立本地索引。

如果一些文獻本地沒有,那就直接下載PDF,閱讀後在Mendeley建立本地索引。

如果想要搜索特定一句話,或者在寫文章的時候想對一些說法進行佐證,就可以用Mendeley的搜索工具,

或者還是上Google Scholar。。。

或者還是上Google Scholar。。。


**輕整理部分**
之後隨著時間的流逝,一個文件夾下的文獻慢慢變多,這個時候就需要在Mendeley中建立子文件夾了(對於我來說,每個項目中前前後後需要閱讀的文獻大概在300篇左右),也就是傳統意義上的整理。但是我不贊成把文獻歸類做的過細。對一個項目下簡單分類,使每個子文件夾中的文獻大概不超過50篇,再通過發表年份,期刊名,作者名等信息,也可以很容易找到所需的文章了。
但是我現在不會等文獻很多了之後再去建立子文件夾,而是會在平時讀文獻的時候,根據一個項目下的不同問題,建立一些小的分類。在Mendeley中,同一篇文獻是可以歸屬不同的文件夾的,所以在歸文件夾的時候也不用那麼糾結。


最後,我想說的是,任何文獻整理軟體都不能代替人對文獻的閱讀,任何時候讀文獻中信息永遠是第一位的。整理軟體只能夠幫助更加快速地找到所需的信息而已。
以上。

20150209 更新一些圖和詞句,使文章邏輯更加清晰。


長文預警,但願也是乾貨滿滿。沒有配圖,但只要肯看完,我覺得至少是有益無害的。

首先我覺得這個題目還是很到位的。既然要整理那必須得有可以整理的對象,如果只是一味整理學術論文本身,那就只能變成一個「學術論文的搬運工」。這沒有半點意義,最多皺著眉拍著腦袋記得:我曾經似乎下載過一篇論文。這也是我曾經經歷過的階段:狂下幾十篇論文,真正要讀的時候無從下手。之後就越「積累」越多,「認認真真」地把學術論文搬運到了自己的文件夾,文件夾變得愈發腫脹,末了就只能帶著悔意全部刪掉。循環往複

題主的題目包含了兩個方面:「總結」和「整理」。總結是一個消化吸收的過程,整理的實質其實是在歸類這些被消化吸收了的知識,讓它們能以最高效的方式被喚起。

我承認可能是存在捷徑,但不是每個人都適合走捷徑的。

先說總結

首先,並不是每一篇文獻都需要總結的。我相信從文獻檢索開始的文獻到最後需要讀的文獻中充滿了篩選的過程,最後能夠到達需要總結階段的文獻其實是相對少數的文獻。希望我們能在這一點上達成共識,因為總結海量的文獻對於我們來說幾乎是不可能的(不包括用文獻計量去做的分析)。所以在總結文獻之前,你需要有一個清晰的邊界或者標準:哪些文獻是需要我去總結的。根據你自己的研究議題,對摘要、關鍵詞、導言和結論部分快速瀏覽去做篩選。如果不篩選,盲目地就開始總結,那一定是事倍功半的。

其次,要高效的總結文獻,你需要熟能生巧。我現在在學校的受訓方式是:每周除了上課、作業外都得認真寫至少2篇的Critique,再增加到3篇,這一個過程起初會很耗時。對於Critique的要求其實是一個遞進的過程:一開始只需要做一個簡單的複述形式的總結;在有了一定積累以後(你對你的研究領域有了一定認識以後)再開始批判式的總結:所有的批判都是建立在讀懂和比較的基礎上。為什麼要比較?因為你得有一個評判的參照點啊,所以不要一上來就急著去評判。我相信只要一件事的成本夠高,你就會認真對待(也有可能很快放棄,取決於個人啦)。就我個人而言,因為每周要投入很多時間去寫Critique,所以會對文獻的挑選、組合格外注意,在無形中也會督促你形成自己的學術脈絡,為之後更好地整理打下基礎。如何做複述形式的總結,可以參考:https://depts.washington.edu/psych/files/writing_center/summarizing.pdf。 我們小組已經有小朋友翻譯了中文版,我就貼一下,如下(可能得用電腦看,用手機看格式就亂了),因為翻譯一定會有損失,質量我不敢保證,如果能看英文的話,可以點開上面那個鏈接看原文:

研究性論文通常採用一套標準格式來傳達信息。一篇研究性論文通常包括七個主要部分:標題(Title)、摘要(Abstract)、介紹(Introduction)、方法(Method)、結果(Results)、討論(Discussion)和參考文獻(References)。總結一篇研究性論文可以按照以下幾步:

一、明確你的焦點
你應該做的第一件事是明確你為什麼要總結這篇文章。如果總結的目的是做筆記以便在之後提醒自己曾看過這樣一篇文章,那你需要寫一個相對長的總結。但如果總結這篇文章的目的是你將會在正在寫的論文中引用這篇文章,那麼總結的重點應該放在這篇文章如何與你的文章聯繫起來。

二、閱讀文章
(1)充足的時間
你必須先理解這個研究,才能總結好它。這個過程花費的時間往往會比大多數人預想的長。只有當你能用自己的語言向一個沒有讀過這篇文章的人解釋這個研究時,你才是真正準備好了去總結這篇文章。

(2)首先,瀏覽文章
如果你試著從頭到尾讀完一篇新文章,你會陷入細節的困惑中。但你可以用APA格式的相關知識去找到重點(APA格式是一個為廣泛接受的研究論文撰寫格式,特別針對社會科學領域的研究,規範學術文獻的引用和參考文獻的撰寫方法,以及表格、圖表、註腳和附錄的編排方式。其「作者和日期」的引用方式和「括弧內引用法」相當著名)。簡要地看每一個章節去確定:
文章研究的問題及研究意義(Introduction)
假設或假設檢驗(Introduction)
假設如何被檢驗(Method)
研究結果(Result,including tables and figures)
研究結果的解讀(Discussion)
閱讀的過程中划下關鍵句或者在頁邊空白處寫下每一段的要點。儘管文獻的摘要可以幫助你確定文章的重點,但你不能僅依靠它,因為它包含的信息非常簡略。記住要聚焦在文章(與你自己的研究)最為相關的部分。

(3)深度閱讀,以交互方式閱讀
在你標出了重點之後,再反覆閱讀每一節。在你閱讀時,問自己:
研究是如何針對所研究的問題來設計的?
研究結果的可信度如何?有什麼出乎意料的結果嗎?
這項研究有助於回答最初的問題嗎?
哪些問題仍然沒有答案?

(4)抄襲
在總結別人的工作時,為了避免抄襲的嫌疑,你需要:
用你自己的話總結。使用簡短的筆記或用你自己的話總結關鍵點,迫使你將這些觀點改寫成你自己的話。
如果你發現自己還是在用原文的語言,只是用詞上有細微的改變,或許你還沒有完全弄懂這項研究。

三、寫總結
就像研究性論文中摘要的目的是給讀者一個簡短的研究概述,要寫一個好的總結,你需要確定哪些信息是重要的並為你的讀者提煉那些信息。你越了解一個主題,就越容易清楚地解釋它。

(1)寫初稿
首先按照文章本身的順序來寫,再根據你的論文內容和你將如何使用來調整各章節相應的長度。
陳述研究問題及研究意義
陳述假設
簡要描述研究方法(設計,參與者,材料,程序,什麼是自變數,因變數,如何對數據進行分析)
描述結果。他們重要嗎?
陳述研究結果的主要影響,要注意避免誇大它的重要性。
研究結果及研究結果的解讀,應結合研究假設來談。

初稿應該聚焦在內容上,而不是文章長度。首先嘗試寫關於假設、方法和研究結果的部分,然後寫介紹和最後的討論部分。如果你在理解某一個部分上遇到了困難,那就先暫時放下,嘗試另一個部分。
如果你正在總結一篇你將會在自己的論文里引用的文章,假如你把文章的前後文給讀者,只描述研究結果應該是足夠的。
例如:「史密斯(2004)發現激勵組的參與者得分高於控制組,證實了激勵因素在印象形成中發揮作用」。這個總結不僅告訴了結果,也給出了研究變數和研究結果。

(2)完整性和準確性
在必要時添加重要信息以保證完整性。但更常見的情況是,如果你理解了文章,你將需要減少多餘或不太重要的信息。寫總結時要專註於研究問題,簡明扼要,避免泛泛而談。

(3)語言風格
寫一個總結給領悟力強、對研究內容感興趣卻了解甚少、稍微有一點懶惰的讀者(例如,你自己,你的同學)。你可以期待讀者對研究內容是感興趣的,但不要讓自己所寫的內容難以被讀者理解。總結里應該包括所有重要的細節。
? 避免語言冗餘。包括大多數副詞(「非常」,「顯然」)。例如,「結果清楚地表明,兩組之間沒有差別」可以精簡為「兩組之間沒有顯著差異」。
? 使用精確、具體的語言。使用精確的語言和引用具體的例子來支撐這個觀點。例如,「這說明」應該表述為「這個結果說明」。
? 使用準確的科學語言。例如,你不能「證明」假設(尤其是只用一個研究)。你只能「支持」或「為什麼不支持」這個假設。
? 主要依靠解釋,而不是直接引用。直接引用很少用於科學寫作。相反,你應該解釋你讀過什麼並且給出你引用作者的姓和論文發表的時間(例如,史密斯,1982)。
? 重讀你所寫的內容。請別人讀你的總結,有助於幫助你找出你遺漏的信息。

在這個基礎上,對一個領域有了一點積累以後(比如按照這個要求做了十篇複述形式的總結)就有了綜合地去評判一篇文獻的基礎(剛才說了:批判的基礎除了讀懂外,還要有比較,只讀一篇是根本沒有辦法去做批判)。在下一步之前,可以在Google Scholar或者Web of Science上以標題:Review of (你的研究議題)來檢索是不是有相關的綜述文章。然後模仿!模仿!模仿!批判的角度有很多:問題與方法的對應、方法與數據的對應、研究結論的可推廣性等等。可以用腦圖/思維導圖把幾篇總結的文章放在一個框架裡面,慢慢地你會逐漸搭建起自己的學術脈絡。剛才說了Critique是一個遞進的過程,所以在複述式總結後,批判的部分往往只是幾句話(但這幾句話才是最吃功夫的),加到原來的複述式總結的內容上去就行了。

再次,總結的語言以發表論文或閱讀論文的語言為準。意思是,如果你要總結的論文是英文的,同時又想發表英文文章的,那麼就用英語寫這些Critique做總結;如果你要總結的論文是中文的,同時又想發表中文文章,那麼就用中文寫這些Critique。如果衝突,即你閱讀論文的語言和你想要發表論文的語言不一致,以你想要發表論文的語言來寫。如果沒有想好,我建議用英語來寫Critique,對於大多數中國學生來說:英語轉中文要比中文轉英語要容易些。

最後,寫完Critique基本就是已經完成了消化吸收的過程了,那麼為了方便下一步的整理,我建議用200字以內的話把你的Critique給概括一遍,只要你整理了,就會發現這和一篇文章的摘要還是有區別的,因為這200字是你自己提煉的200字,是最符合你的學術審美和對文章理解的。如果不是基建於你對文章的理解而產生的總結(原作者的摘要),我的話在引用的時候一定特別慌張。

怎麼安放這些Critique和你的精簡版Critique?因為要高效,所以這些200字以內的精簡版Critique可以放在文獻管理軟體相對應文獻的筆記欄之下,而完整版的Critique則可以作為相對應的那個文獻的附件。我建議看期刊文獻也是在電腦上看電子版的,可以邊看邊高亮、做筆記(每個人筆記習慣不同,但是千萬不要亂,每個顏色代表的意義,筆記記錄的位置,每個符號的意義都要在事先規定好)。如果是學術著作的話,一般我是紙筆做筆記的,1:2的分欄,右邊會記下頁碼,觀點和一些摘抄,左欄記下的是「對我自己的用處是什麼?」可以是和其他文獻的關聯,可以是一個定義的權威表述,也可以是一個可供驗證的觀點等等。

總結完了就完了?不全是!因為Critique是一個比較的過程,所以你在寫一篇新的Critique的時候,很可能需要翻以前寫的相關的Critique去建立起聯繫,一方面是自己學術框架的搭建,另一方面是對於已經綜述完的內容的一個回憶。我相信你周圍一定有這樣一些人:說起東西來一套一套的,如果你按照這個方法去做,你也能說起來一套一套的,而且不是「一本正經地胡說八道」,而是在大多數時候都是經得起推敲和拷問的。

再說整理

關於整理我其實沒有太多想說的,因為我覺得重點是總結,整理只是一個幫助找到自己總結的知識的方式而已。

有很多人其實不用文獻管理軟體也能做好整理工作,但很遺憾我不屬於那些人。對我來說,文獻管理軟體是必要的,因為弄參考文獻是一個很煩的事兒,一鍵生成難道不誘人么?我以前用過Endnote,NoteExpress。現在在用的是Papers,平台是Mac和iPad,Papers是付費的(買斷模式,不是包月模式,學生有優惠),也可以在PC平台使用,和安卓的平板、手機應該也能同步。我不知道其他文獻管理軟體如何,但是同步這個因素是我選了Papers的一個重要原因,因為有時候是用iPad在看論文。我覺得在整理之前,各位應該先大致了解下自己手頭的文獻管理軟體的功能和操作(懶得看文字的話一般也能找到視頻教程的,不要連看視頻都懶!)。

我理解的整理的實質主要就是歸類。那第一步就是得有類可歸,每一個文獻管理軟體都有分類的功能,你可以把文獻分門別類地放:一篇文獻是可以放在兩個以上類別之下的,所以不用擔心類別之間的互斥。還有一個我自己會用的是在每個精簡版的Critique之下打上標籤:比如一篇文獻的主題是A,那麼在最後打一個#A#的標籤,同時如果這篇文獻又用了方法B,可以空一格打#B#的標籤。所有文獻管理軟體都應該是支持筆記搜索功能,到時候需要用的時候搜標籤#你的標籤#就很快能找到相關的Critique和對應的文獻了。有了標籤這個大殺器,千萬不要不捨得用。如果寫一篇論文的話,用得到文獻的地方其實很多,幾乎文章的每一個部分(或許結果部分可以不用)都用得到文獻。所以不要只以主題去打標籤,方法也可以打標籤,研究領域也可以打標籤,可以根據自己的需要打各種標籤,幫助自己能夠快速找到文獻。

我的回答差不多到這裡,感謝你們花了時間看到了這裡。如果有哪裡說的不清楚,可以在評論留言。


作者:游者狼 來源:簡書

(從 Ph.D到現在工作半年,發了12 篇paper, 7 篇first author.)我現在每天還保持讀至少2-3 篇的文獻的習慣.讀文獻有不同的讀法.但最重要的自己總結概括這篇文獻到底說了什麼,否則就是白讀,讀的時候好像什麼都明白,一合上就什麼都不知道,這是 讀文獻的大忌,既浪費時間,最重要的是,沒有養成良好的習慣,導致以後不願意讀文獻.

1. 每次讀完文獻 (不管是細讀還是粗讀), 合上文獻後,想想看,文章最重要的 take home message 是什麼, 如果不知道,就從abstract,conclusion 里找, 並且從discuss 里最好確認一下.
這樣一來, 一篇文章就過關了. take home
message 其實都不會很多, 基本上是一些concepts,
如果你發現你需要記得很多,那往往是沒有讀到重點.

2. 擴充知識面的讀法, 重點讀introduction,
看人家提出的問題,以及目前的進展 類似的文章, 每天讀一兩篇,一個月內就基本上對這個領域的某個方向有個大概的了解.讀好的review 也行, 但這樣人容易懶惰.

3. 為了寫文章的讀法, 讀文章的時候, 尤其是看discussion 的時候,看到好的英文句型, 最好有意識的記一下,看一下作者是誰,哪篇文章,哪個期刊, 這樣以後照貓畫虎寫的時候,效率高些.比自己在那裡半天琢磨出一個句子強的多. 當然,讀的多,寫的多,你需要記得句型就越少.其實很簡單,有意識的去總結和記億, 就不容易忘記.

一、先看綜述

先 讀綜述,可以更好地認識課題,知道已經做出什麼,自己要做什麼,,還有什麼問題沒有解決。對於國內文獻一般批評的聲音很多.但它是你迅速了解你的研究領域
的入口,在此之後,你再看外文文獻會比一開始直接看外文文獻理解的快得多。而國外的綜述多為本學科的資深人士撰寫,涉及範圍廣,可以讓人事半功倍。

二、有針對地選擇文獻

針對你自己的方向,找相近的論文來讀,從中理解文章中回答什麼問題,通過哪些技術手段來證明,有哪些結論?從這些文章中,了解研究思路,邏輯推論,學習技術方法.

1.關鍵詞、主題詞檢索:

關鍵詞、主題詞一定要選好,這樣,才能保證你所要的內容的全面。因為,換個主題詞,可以有新的內容出現。

2. 檢索某個學者:

查SCI,知道了某個在這個領域有建樹的學者,找他近期發表的文章。

3. 參考綜述檢索:

如果有與自己課題相關或有切入點的綜述,可以根據相應的參考文獻找到那些原始的研究論文。

4. 注意文章的參考價值:

刊物的影響因子、文章的被引次數能反映文章的參考價值。但要注意引用這篇文章的其它文章是如何評價這篇文章的

三、如何閱讀文獻

1. 注重摘要:摘要可以說是一個論文的窗口。多數文章看摘要,少數文章看全文。真正有用的全文並不多,過分追求全文是浪費,不可走極端。當然只看摘要也是不對
的。多數文章題目、摘要簡單瀏覽後,直接把幾個Figure 及Title 與legend 一看,一般能掌握大部分。

2.通讀全文:讀第一遍的時候一定要認真,爭取明白每句的大意,能不查字典最好先不查字典。因為讀論文的目的並不是學英語,而是獲取信息,查了字典以後思維會非常混亂,往往讀完全文不知所謂。可以在讀的過程中將生字標記,待通讀全文後再查找其意思。

3.歸納總結:較長的文章,容易遺忘。好在雖然論文的句子都長,但每段的句數並不多,可以每一段用一個片語標一個標題。

4. 確立句子的架構,抓住主題:讀 英文原版文獻有竅門的。我們每個單詞都認識讀完了卻不知他在說什麼,這是最大的問題。在閱讀的時候一定要看到大量的關係連詞,他們承上啟下引領了全文。中
國人喜歡羅列事實,給出一個觀點然後就是大量的事實,這也是中文文獻的特點,我們從小都在讀這樣的文章,很適應。西方人的文獻注重邏輯和推理,從頭到尾是 非常嚴格的,就像GRE 裡面的閱讀是一樣的,進行的是大量重複、新舊觀點的支持和反駁,有嚴格的提綱,尤其是好的雜誌體現得越突出。讀每一段落都要找到他
的主題,往往是很容易的,大量的無用信息可以一帶而過,節約你大量的寶貴時間和精力。

5.增加閱讀量:

由於剛剛接觸這一領域,對許多問題還沒有什麼概念,讀起來十分吃力,許多內容也讀不懂。後來隨著閱讀量的增加,最後可以融匯貫通。所以,對新手而言,應當重視閱讀文獻的數量,積累多了,自然就由量變發展為質變了。

四.提高閱讀的效率

1.集中時間看文獻:

看文獻的時間越分散,浪費時間越多。集中時間看更容易聯繫起來,形成整體印象。

2.做好記錄和標記:

複印或列印的文獻,直接用筆標記或批註。pdf 或html 格式的文獻,可以用編輯器標亮或改變文字顏色。這是避免時間浪費的又一重要手段。否則等於沒看。

3.閱讀順序:

根據閱讀目的選擇合適的順序。一般先看abstract、introduction,然後看discussion,最後看result 和method(結合圖表)。

五、文獻的整理

1.下載電子版文獻時(caj,pdf,html),把文章題目粘貼為文件名(文件名不能有特殊符號)

2.不同主題存入不同文件夾。文件夾的題目要簡短,如:PD,LTP,PKC,NO。

3.看過的文獻歸入子文件夾,最起碼要把有用的和沒用的分開。

4.重要文獻根據重要程度在文件名前加001,002,003 編號,然後按名稱排列圖標,最重要的文獻就排在最前了。而且重要文獻要注意追蹤。運氣好,你可以得到更多的線索;運氣不好,發現別人搶先了。據此修正你的實驗。

六、英文文章寫作 (閱讀文獻的副產品)

1.平時閱讀文獻,注意總結常用句型和常用短語(注意,文獻作者必須是以英文為母語者,文獻內容要與你的專業有關)。

2.找3-5 篇技術路線和統計方法與你的課題接近的文章,精讀。?

英語基礎不好,沒過六級,所以在碩士的時候基本上看的外文文獻很少,現在想想很後悔,2 年的時間少學了很多東西。上了博士,自己給自己的定位也高一些 了,開始打算硬著頭皮咬著牙很不情願的也要多看些外文文獻,一開始看比較慢,有些很難理解,到現在大約仔細閱讀了100 篇外文文獻,泛讀了100 篇外文文 章,受益匪淺,現在基本不怎麼看中文的了,確實也覺得外文的質量就是高(也有湊數的爛文章),現在自己寫外文的也很順手了。談幾點自己的體會。我是材料專
業的。

1.先找5 篇跟自己論文最相關的外文文章,花一個月的時間認認真真的看,反覆看,要求全部讀懂,不懂的地方可以和同學和老師交流一下。一個月以後你已經上路了。

2.如何讀標題:不要忽視一篇論文的標題,看完標題以後想想要是讓你寫你怎麼用一句話來表達這個標題,根據標題推測一下作者論文可能是什麼內容。有時候一句比較長的標題讓你寫,你可能還不會表達。下次你寫的時候就可以借鑒了

3. 如何讀摘要:快速瀏覽一遍,這裡主要介紹這篇文章做了些什麼。也許初看起來不好理解,看不懂,這時候不要氣餒,不管它往下看,等你看完這篇文章的時候也許
你都明白了。因為摘要寫的很簡潔,省略了很多前提和條件,在你第一眼看到摘要而不明白作者意圖的時候看不懂是正常的。

4.如何讀引言(前言):當你了解了你的研究領域的一些情況,看引言應該是一件很容易的事情了,都是介紹性的東西,寫的應該都差不多,所以看文獻多了以後看這部分的內容就很快了,一掃而過。有些老外寫得很經典得句子要記下了,下次你寫就可以用了。

5.如何讀材料及試驗:當你文獻看多了以後,這部分內容也很簡單了,無非就是介紹試驗方法,自己怎麼做試驗的。很快就能把它看完了吧

6.如何看試驗結果:看結果這部分一定要結合結果中的圖和表看,這樣看的快。主要看懂試驗的結果,體會作者的表達方法(例如作者用不同的句子結構描述一些數字的結果)。有時看完以後再想想:就這麼一點結果,別人居然可以大篇幅的寫這麼多,要是我可能半頁就說完了?

7. 如何看分析與討論:這是一篇文章的重點,也是最花時間的。我一般把前面部分看完以後不急於看分析討論。我會想要是我做出來這些結果我會怎麼來寫這部分分析
與討論呢?然後慢慢看作者的分析與討論,仔細體會作者觀點,為我所用。當然有時候別人的觀點比較新,分析比較深刻,偶爾看不懂也是情理之中。當你看的多 了,你肯定會看的越來越懂,自己的idea 越來越多

8.如何看結論:這個時候看結論就一目了然了,作後再反過去看看摘要,其實差不多

9.把下載的論文列印出來,根據與自己課題的相關性分三類,一類要精讀,二類要泛讀,三類要選擇性的讀。分別裝訂在一起

10.看完的文獻千萬不要丟在一邊不管,3-4 個月一定要溫習一遍,可以根據需要,對比自己的試驗結果來看

11.學會記筆記,重要的結論,經典的句子,精巧的試驗方案一定要記下來,供參考和學習

12.有些試驗方法相同,結論不同的文獻,可以批判性的閱讀。我想要是你自己做試驗多的話,你應該有這個能力判斷誰的更對一點。出現試驗方法相同,結論不同的原因有下:試驗方法描述不詳細,可能方法有差別;試驗條件不一樣;某些作者誇大結果,瞎編數據

13.有時間還是多看點文獻吧,最好定個目標:在學術上超過自己的老闆。因為老闆一般不看文獻,他們都是憑經驗做事,很多新東西他們都不知道,慢慢的你老闆會覺得你很厲害。反正我覺得多讀了,讀起來就快了,而且也會慢慢喜歡上看外文文獻,收穫自然也就多了。

算起來從05 年讀研開始到現在也快三年的時間了。在這段時間裡,實驗做得不是很多,文獻倒是讀了不少。原因呢,可能是老闆也發現了我這個人屬於那種眼高手低的人,乾脆
就讓我做個文獻閱讀器了。從研一到現在每當老闆腦子裡出來一個想法,出來幾個關鍵詞,好了,下一步的工作就是交給我查閱和整理文獻了。大家有空可以看看我 發在論壇里的幾個ppt,關於光催化、無鉛壓電陶瓷,微波介質陶瓷,納米ZnO,此外關於Raman 光譜、多鐵性材料。。。算起來前前後後看過——當然只能說看過,因為大部分都只是走馬觀花,沒有精讀——的文獻應該不下三四百篇了。我估計每個方向單拿出 來寫個中文綜述都差不多夠了,可惜中文要版面費,想來老闆也不會給出說了這麼多廢話,進入正題吧。有人也許會問,你是怎麼看文獻的,特別是一個以前沒有接
觸的陌生領域。我的方法是,先看中文綜述,然後是中文博士論文,而後是英文綜述,最後是英文期刊文獻。這樣做的好處是,通過中文綜述,你可以首先了解這行 的基本名詞,基本參量和常用的製備、表徵方法。

我覺得這點很重要,因為如果直接英文上手的話,一些基本名詞如果簡單的想當然的翻譯,往往會將你引入誤區或造成歧義。同時中文綜述里要包含了大量的英文參考文獻,這就為後續的查找文獻打下一個基礎。

中文博士論文,特別是最近幾年的,其第一章前言或是緒論所包含的信息量往往大於一篇綜述的。因為它會更加詳細的介紹該領域的背景以及相關理論知識,同時裡面往往會提到國內外在本領域做得比較好的幾個科研小組的相關研究方向。通過閱讀就可以更清楚理清一個脈絡。

英文綜述,特別是那種invited paper 或是發表在高if 期刊上的,往往都是本領域的牛人們寫的。對此要精讀,要分析其文章的構架,特別要關於作者對各個方向的優缺點的評價以及對缺點的改進和展望。通過精讀一篇
好的英文綜述,所獲得的不只是對本領域現在發展狀況的了解,同時也可以學會很多地道的英文表達。最後就是針對自己的課題查找閱讀相關英文文獻了。現在各大 學圖書館裡面的資料庫都比較全,即使沒有也可以通過網路上多種手段獲取文獻了。所以說文獻的獲取不是問題,問題在於查什麼樣的文獻和怎麼具體閱讀整理文
獻。根據我的體會,我覺得有以下四類英文文獻是我們所需要的:

1.本領域核心期刊的文獻。不同的研究方向有不同的核心期刊,這裡也不能一概唯if
論了。比如說陶瓷類的核心期刊美陶的IF 也不過1.5 幾,但上面的文章特別是feature artical 還是值得仔細閱讀的。當然,首先你要了解所研究的核心期刊有哪些,這個就要靠學長、老闆或者網上戰友的互相幫助了。

2.本領域牛人或者主要課題組 的文獻。每個領域都有幾個所謂的領軍人物,他們所從事的方向往往代表目前的發展主流。因此閱讀這些組裡的文獻就可以把握目前的研究重點。這裡有人可能要
問,我怎麼知道誰是牛人呢?這裡我個人有兩個小方法。第一是在ISI 檢索本領域的關鍵詞,不要太多,這樣你會查到很多文獻,而後利用ISI 的refine 功能,就可以看到哪位作者發表的論文數量比較多,原則上一般發表論文數量較多的人和課題組就是這行里比較主要的了。還有一個方法,就是首先要了解本領域有
哪些比較規模大型的國際會議,而後登陸會議主辦者的網站一般都能看到關於會議的invited speaker的名字,做為邀請報告的報告人一般來說都是在該行有頭有臉的人物了,呵呵

3.高引用次數的文章。一般來說高引用次數(如果不是靠自引堆上去的話)文章都是比較經典的文章,要麼思路比較好,要麼材料性能比較好,同時其文筆應該也不賴的話。多讀這樣的文章,體會作者對文章結構的把握和圖表分析的處理,相信可以從中領悟很多東西的。

4. 最後就是當你有了一定背景知識,開始做實驗並準備寫論文的時候需要看的文獻了。我個人的經驗是,首先要明確一點,你所做的實驗想解決什麼問題?是對原有材
料的改進還是創造一種新的材料或者是新的製備方法,還是採用新的表徵手段或是計算方法。明確這一點後,就可以有的放矢查找你需要的文獻了。而且往往當你找 到一篇與你研究方向相近的文章後,通過ISI 的反查,你可以找到引用它的文獻和它引用的文獻,從而建立一個文獻樹,更多的獲取信息量。

此外,我想提到的一點就是關於文獻的整理。很多時候大家下文獻都是很盲目,抱著一種先下來再說的思想。往往下來的文獻不少,但只是空占者磁碟空間。不經過整理歸類的文獻就不是自己的文獻,那根據什麼來分類呢?

我 有一個比較簡單實用的方法,適用於那些擁有大量未讀文獻的。就是只關心三點:文章的前言的最後一部分(一般這部分都是提出作者為什麼要進行這項工作,依據
和方法),文章中的圖表(提出採用的表徵方法以及性能變化)和結論(是否實現了既定目標以及是否需要改進)。當然,如果全部精讀相信工作量也不小。我的看 法是儘可能用50 個字左右來歸納文章,說白了就是文章的目的(如改進某個性能或提出某種方法)+表徵手段(如XRD,IR,TEM 等)+主要結論(如產物的性能)。當你按照這個方法歸納整理幾十篇文獻後,自然會有一個大致的了解,而後再根據你的筆記將文獻分類整理,當你在寫論文需要
解釋引用時再回頭精讀,我覺得這樣會提高效率不少。

作者:游者狼

來源:簡書

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我的看法是文獻整理和總結方法應該與學習與研究的階段相適應;思路比工具重要。

1. 一般性的閱讀時抓關鍵文獻即可
大量看過的文獻在後來的研究階段都只有個大概的印象,這太正常不過了。因為在廣泛閱讀文獻的時候,我們必須要在知識的廣度和知識的具體程度方面作出合適的權衡。可以說平時大量閱讀文獻的主要貢獻是開闊眼界,啟發科研思路。讀文獻的時候,主要是關注文獻中(1)如何立題(research questions),(2)創新性的理論和結果(有時關鍵性的研究方法也是值得關注的;一般性理論和結果基本可以忽略,除非你後來寫獨立性的文獻回顧),(3)關鍵的research gaps--潛在的研究突破口。除關鍵性文章之外,具體的觀點和結論在確定研究課題之後再回去細讀即可。

面對浩如煙海的論文資料庫,從效率的角度看,這個階段的文獻整理的目標應該是就一個個感興趣的分研究方向建立基本的知識網路。閱讀時一定要抓大放小--以最典型的原創性論文(primary research) 、名家的綜述(reviews)和名家觀點(perspectives, opinion and views等形式出現)為綱,聯繫一些非常紮實的實證和理論性論文(數據充分,方法經典或者創新,結論可信賴),找出他們的關聯並整合在一起,這樣一個基本的知識網路就建立起來了。一般每個分的比較細的research topic,掌握了那麼10-20篇文章(1-2篇綜述+1-2篇名家觀點,加上這個research topic從誕生到目前每個階段的cornerstone性質的文章10來篇)就夠了。其它的略讀一下,在文獻管理的時候,也不必太多的羅列。因為文獻在不斷增長,而且你的設想隨著閱讀量的提高也在不斷變化,一一羅列文獻很大程度上是對時間的浪費,更不能適應文獻增長和眼界提升這兩個方面的動態變化。

2. 研究階段的文獻可一一羅列並註明重點
在有了大概的研究設想,並開始著手研究的時候,基於前面說過的經典文獻構建的知識網路,通過forward reference search 和 backward reference search 的方式,加上關鍵詞等文獻搜索方法,通過一個迭代過程獲得你做該具體可惜需要的文獻,並在這個過程中反覆推敲你的研究設想,最後定下research questions,理論框架,研究方法。在實施研究和報告研究成果的過程中,也還在不斷地與文獻打交道。與文獻的交道延續到你的文章發表之後,直到你完全放棄這個研究方向為止。由於涉及到具體課題的文獻有很強的針對性,數量不會太大(核心&<30篇,二環路內大&<80篇,三環之內也不會超過200篇),這時用相關工具將他們整理在一起並標註哪些是重點文獻,ROI比較高。

3. 課程學習階段的文獻
也順便說一下,在課程學習的階段,對於你感興趣的方向的文獻,可參考上面的思路。對於老師要求的,但自己完全沒有興趣的,完成老師的要求之後找到並理解那麼一兩篇代表性的primary research/reviews中的主要觀點和結論就可以了。

** 補充一下,對於「有些文獻讀過就忘記了,想用的時候想不起來「這個問題,我還是覺得用關鍵詞和forward backward reference search的方法查閱文獻資料庫能比較好地找到自己需要的文獻。與在自己整理的文獻筆記中查找相比,直接查文獻資料庫往往會給你帶來或大或小的驚喜--找到你文獻筆記中並沒有的但更有價值的文獻。

對於Endnote或者其它軟體的使用技巧,可參考其它答案。


雖然一直有用Endnote,但更多是用於寫作時快捷插入引用,而不是搜索文獻。
強大的文獻搜索能力是不建立自己的小金庫,而是有技巧地直接搜資料庫,例如PsychInfo。通過有技巧地選用、組合搜索關鍵詞,並且地毯搜索文獻中的引用目錄,資料庫能迅速定位最全面、最新的文獻。主要用於寫文獻綜述、meta analysis。很多人包括我一開始都喜歡看到研究興趣內的論文就保存下來,不保存不放心。教授鄙夷地說這樣效率太低,「它們總是在資料庫里的,比你的電腦還保險」。至於搜索技巧,包括如何選擇搜索詞,搜索邏輯設定等,去校圖書館預約研究助理research librarian教你。
另一方法是整理好自己寫過的任何學術文字,即引用了文獻的寫作。無論你讀了多少,保存了多少,臨到寫作還是得重讀提煉,但是自己已經寫過的文字可以照搬或稍作改動就用,原文獻不用重讀提煉了,多方便啊!
最後,各種Handbook都買,及時更新版本,便於對不熟悉的領域迅速抓住文獻最有價值的線索。
記憶是不可靠的。往往憑記憶引用,為了證實確實如此,為了寫完整引用出處所花的時間已經足以在資料庫搜索幾輪。


別的學科不懂,僅以經濟學文獻為例來說明:

首先對文獻分門別類。

考慮到日後引用的需要,我對文獻的電子版以主要作者+年份命名,然後把不同方向的文獻分別放在不同的文件夾里。這樣在我想參考某個具體方向的論文時,直接打開相應的文件夾就能找到以前看過的文獻。

讀過的文獻要寫總結。

文獻的總結有很多種寫法,根據你讀那篇文獻的目的而定。
最簡單的總結是直接把作者寫的摘要複製粘貼,但據我的經驗,這樣弄絕大部分情況下不夠好。主要原因是以我目前的積累,摘要往往特別不好讀,讀完以後還是不明白作者在幹什麼的比例太高。

下一種總結是我最常用的,它適用於實證文獻,一般包含三個部分:

A:為什麼要寫這篇論文(motivation),一般是用幾句話概括一下論文的引論(introduction)部分。
B:用了什麼模型,跑了什麼數據。對模型不一定要寫出具體的方程,寫一下大義即可。例如寫成「FF三因子、帶偏度CAPM、Ramsey」這樣。
C:得出了什麼實證結果,作者怎樣解釋。

某些論文中會自己批判一下自己的第一個實證結果,然後再提出一個模型來宣稱這個模型比前面的更好。對這種論文只需多寫一組B+C即可。

對於理論文獻,由於我是做實證的,讀的不多。所以我對理論文獻處理的方法是:把它的模型和所有假設全抄一遍,然後寫上我自己對這個模型的看法(批判)。這方面我經驗不足,還請做理論的朋友多指正。

對於重要的文獻,除了上面幾步我還會專門寫一下自己的批判和想法。到了博士階段,對文獻的批判性學習尤為重要。把自己讀文獻時的想法記下來,在和導師、同學討論時很有幫助。以前不記的時候總有辯著辯著忘了其他想法的情況,記下來後一來這種情況發生得少了,二來一時辯不清楚的問題可以記下進展,以後有想法時再補充。

做到了這兩項以後,第一你讀過的文獻更不容易忘,第二你讀過的文獻就都能快速找到了。除此之外,邊讀邊寫總結會令你讀文獻更快。經濟學類的文獻模型摻描述的常見寫法容易令人讀到一半就忘了作者想幹啥,這時你寫了一半的總結是很好的提示材料,看它比你翻回去重讀要快得多。

至於整理文獻的軟體,我自己是沒怎麼開發過,感覺到目前為止都夠用。一般寫篇論文也就引用10~20篇論文,只要在引用的時候勤快點把作者和年份也註上,列參考文獻時就不會出錯。


—————————— 141216 更新 ———————————————————————————

分享一張我正在做的社會理論思維導圖:

軟體:Mindnode Pro

————————————正文—————————————————————————————

分享一下我整理文獻的心得,我也是在不斷摸索中,希望對各位有所啟發:系統:MacOS

1. 收集文獻:DEVONthink pro
目的:替代 Mac Finder,收集整理文獻


功能:上圖是我的DEVONthink頁面,介紹一下基本功能,
a. 文件可以以相同或者不同的名稱儲存在同一個或者不同的文件夾;
b. 文件可以進行不同的標記(Label)和標籤(Tag),我把標記用來表示重要程度(待讀,當下可用,重要等),標籤則涵蓋核心信息;
c. 文件可以複製(Duplication)和建立替身(Replication),後者對一個替身文件的修改可以實現在所有文件上。我在文件夾中有Chapter3,這是我正在進行中的論文,我將我需要的文章全部替身到這個文件夾里,完成後再把這個文件夾里的替身全部刪掉,但是我閱讀的修改和標記已經全部在我的文獻中保存了;
d. 左下方紫色文件夾為智能文件夾(Smart Group),可以自定義軟體中任何一個規則,我僅僅是作為彙集標記的文件夾;
e. 可以將網頁截屏為網頁格式,或者pdf格式,平常看到有用信息可以立刻保存。
適用半個月,非常方便,還有更多更加細節的功能,這裡只是一些最基礎功能。

2. 管理文獻:Zotero
目的:直接形成參考

優勢:a. 可直接拖曳pdf,自動抓取元數據,導入參考信息

優勢:a. 可直接拖曳pdf,自動抓取元數據,導入參考信息
b. 可輸入書號,自動生成參考信息
c. 可安裝插件,顯示參考數量

補充:原本用Zotero整理文件,所以建立了文件夾,但是在用DEVONthink之後,就放棄在Zotero里繼續整理了,通過插件在word中可以很輕鬆的實現查找和輸入。

3. 管理筆記:Circus Ponies Notebook
目的:記錄筆記,形成主題,安排提綱


功能:
a. 收集筆記:
a1. 上圖是我的筆記本和主題本,按照「作者_年份_名稱」命名,前面標「*」號代表需要歸納整理;
a2. 截圖是某一篇期刊的內容,我將期刊分為摘要,摘錄,總結,分別記各類信息


b. 形成主題:
b1. 上圖是我的主題頁面,我將所有讀過的文獻全部整理到了不同的主題之下,以此建立自己知識體系,並且方便以後查看;
b2. 側面是參考,告知我具體信息從何而來。

c. 安排提綱

c. 安排提綱
c1. 上圖是我為最近寫作的論文安排的提綱頁面;
c2. 不同的信息由筆記和主題以及持續的閱讀中豐富提綱,基本上提綱建立完成,按照順序寫作也就可以了,側面仍是「作者_年份」的參考信息。

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總結:這是我用來整理文獻和收集筆記的三個基本工具,也僅僅介紹了最最基本的功能,希望各位可以從中開發更多功能,養成更符合自己的習慣。

PS 一個小典故:為了發現文本之中隱藏的聯繫,羅蘭.巴特總是會將自己的所有讀書卡片完全打亂任意排列,然後在所有這些被打亂、重置的片段中尋找靈感,重新建構文本之間的邏輯。


更新20170223:
因為org-mode和org-ref更新頻繁,所以以下功能已經有所改變,但是變的更加強大和易用,等我有空會更新。

以下為原文:
分享我正在用並且會一直用下去的最完美的科研文獻管理及寫作工具:emacs內置的org-mode。org-mode是emacs的一個純文本編輯模塊,詳細的特性可以參考http://orgmode.org。然而它並不是一個文獻管理軟體,但是經過配置後,卻比任何一個專門的文獻管理軟體更適合文獻管理。我對比過其他的管理工具,比如noteexpress,mendeley和endnote等等,但沒有一個能真正令我滿意,因為對於我而言,在文獻管理過程中,管著管著就不知道重點去哪了。那麼就失去文獻管理的價值了。

直到遇到org-mode後,我才真正找到完美的文獻管理哲學:在論文中管理文獻,即在最終的論文中管理文獻。那麼如何實現呢。

閱讀文獻的最終目的就將閱讀到的重點內容最終反映在自己的論文中。如果可以在論文寫作中管理文獻,那麼在反覆閱讀與校對論文時,就能隨時根據引用的內容來了解該篇參考文獻的主題內容等。然而論文中引用文獻時,一般的方法也就是在文中給出類似[1]的引用號,文章末尾列入參考文獻等內容,真正的交叉引用效果都不太令人滿意,那麼也就很難將引用內容與參考文獻靈活聯繫起來。但此時如果有一種方法,在不需翻頁的情況下,在論文引用處可以鏈接到引用文檔的信息,比如作者,題目,頁碼,出版社,甚至鏈接到pdf文檔供一鍵打開,那就是無窮的方便。而org-mode恰巧提供了這樣的優勢。

用org-mode管理參考文獻的優勢在於,所有數據都是純文本,可以任意的修改,可以版本管理,
,也就是說你的任意一次修改都可以被記錄並恢復(需要藉助git)。並且因為你的數據是純文本的,所以通過dropbox,google drive同步後,所有的系統平台都可以訪問。並且由於emacs elisp的靈活性,org-mode缺失的功能你都可以自己添加,這種軟體擴展性也不是其他參考文獻管理工具可以比擬的。

更更重要的是,org-mode是免費的!

答案較長,為了便於大家閱讀,先給出目錄:
1. 獨一無二的功能展示
2. 管理參考文獻所需基本條件
3. 文獻搜尋與添加
3.1 文獻條目搜索
3.2 與該條文獻相關文獻的搜索與添加
4. 參考文獻的分類
4.1 利用標題進行分類
4.2 利用標籤進行分類
5. 文獻重要優先順序
6. 如何閱讀文獻
6.1 分辨已閱讀和未閱讀
6.2 相似內容文獻的鏈接
6.3 筆記與pdf頁碼的鏈接
6.4 文獻內容閱讀
6.5 導出思維導圖


以下為正式回答:
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1. 獨一無二的功能展示
先看下圖,這是一篇在org-mode中完成的測試文章,類似在word中完成的完整簡單文章。文中藍色*代表一級標題,黃色*代表二級標題,類似於word的1.和1.1標題。最後的兩條link將參考文獻文件和其引用樣式鏈接到該文檔中,這在後面會介紹。


可以看到文中有可以點擊的鏈接,這其實就是在文章中引用了該篇文獻,類似於word中引用的[1],這裡只不過是以文獻key形式引用,原理是一樣的。

cite:rowe-1979-grain

在點擊該鏈接後,emacs的minibuffer中會顯示以下信息,至於什麼是emacs和minibuffer我就不介紹了,需要者請自行查詢。

可以清清楚楚看到,包括作者,標題,雜誌信息,頁碼等該參考文獻的詳細信息都被顯示出來。再看提供了5種選項用於打開pdf,網路資料庫的url和記錄的筆記等等功能,一鍵可以打開以上選項。這樣來說,引用的內容與該文獻條完美結合起來。然後想想以上的文獻管理過程:在論文中不斷添加不同引用內容,然後在不同引用內容後鏈接文獻條目,那麼每條引用文獻的核心都在這片文章中體現出來了。隨後在一遍遍修改引用內容時,可以隨時打開文獻pdf或者之前記錄的筆記,來溫習該篇參考文獻,強化記憶管理,我覺得這是十分科學的。

可以清清楚楚看到,包括作者,標題,雜誌信息,頁碼等該參考文獻的詳細信息都被顯示出來。再看提供了5種選項用於打開pdf,網路資料庫的url和記錄的筆記等等功能,一鍵可以打開以上選項。這樣來說,引用的內容與該文獻條完美結合起來。然後想想以上的文獻管理過程:在論文中不斷添加不同引用內容,然後在不同引用內容後鏈接文獻條目,那麼每條引用文獻的核心都在這片文章中體現出來了。隨後在一遍遍修改引用內容時,可以隨時打開文獻pdf或者之前記錄的筆記,來溫習該篇參考文獻,強化記憶管理,我覺得這是十分科學的。

org-mode是純文本寫作,但是可以通過latex,導出為pdf文檔(還可以導出到txt,html,reveal.js presentation)。下圖為這篇文章的pdf截圖,論文的基本架構,引用內容一應俱全,還可以利用org-mode與latex的優勢,只關注內容無需在意排版,只需要做的只是寫寫寫!!


以上只是org-mode的冰山一角,下面我詳細介紹如何利用org-mode來管理參考文獻。


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2. 管理參考文獻所需基本條件:

利用org-mode管理文獻時,需要建立兩個基本文件。
a. 新建一個參考文獻bibtex文件,bibtex的簡介和優勢參考BibTeX。bibtex文件是由各種類似以下格式的文獻條目組成的。這個文獻條目包含了一篇參考文獻的所有信息。建立好這些文獻條目後就可以在文章中引用了,如上所述,minibuffer中顯示的內容均來自這個文件。bibtex是文獻管理通用格式,並且是純文本,可以被不同其他文獻管理軟體導入,也可以從不同軟體生成。但我建議每條條目都自己添加,這樣格式什麼的自己都能控制把握,後面會講簡潔的條目添加方法。

@article{rowe-1979-grain,
author = {R. Grant Rowe},
title = {Grain Boundary Segregation and Grain Growth
Inhibition in Silicon Iron: The Effect of Boron and
Nitrogen},
journal = MTA,
volume = 10,
number = 8,
pages = {997-1011},
year = 1979,
doi = {10.1007/bf02811646},
url = {http://dx.doi.org/10.1007/BF02811646},
}

b. 一個org-mode文件用於記錄該文獻的筆記文件。 下圖為該文件中的一個參考文獻條目,除了提供文獻基本信息外,點擊pdf鏈接可以打開pdf,還有url。


c. 一個目錄用於放置參考文獻的pdf文檔,然後在以上文件中鏈接。完成者三個條件之後,就可以在論文中引用,然後點擊引用鏈接,來打開筆記,pdf,url等等內容了。

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3. 文獻搜索與添加

3.1 文獻條目搜索
對於搜尋文獻,沒有比google scholar更方便了,但是對於從google scholar搜尋到的文獻條目,我往往不會只簡單複製它的cite內容,因為我發現總是數據不齊全。所以我的操作方法就是直接點擊進去該條鏈接,然後打開文獻資料庫的該條條目頁面,從該頁面中提取文獻信息,這樣是最準確的。好吧,當然我是不會一條一條複製的,org-mode提供了更簡捷的方法。

開始介紹:網路中搜索文獻時,每一個文獻鏈接對應一個數字對象唯一標識符,即doi,參考doi _百度百科。也就是說只要我們找到了這條文獻的doi,我們就可以找到它的詳細信息。如以搜索Annealing behavior of cold-rolled low-carbon phosphorus-containing steels with variations in silicon content該條文獻為例說明。

打開http://dx.doi.org/10.1007/BF02811644會重定向到上面的文獻。然後拉到頁面底部,找到doi欄,複製10.1007/BF02811644。


然後在org-mode中一條命令即可從doi中獲取該文獻的參考信息,並自動插入到.bib文件中,然後會自動在筆記文檔中建立該文獻的條目。如果這篇文獻的pdf在網站上是免費提供的,那麼這條命令還會自動下載該pdf,並且將其置於pdf目錄中。

重點:要知道在網上複製文獻的引用信息往往缺少某些內容,而從doi中獲得的信息可以說是健壯的

3.2 與該條文獻相關文獻的搜索與添加
同時在閱讀文獻時會有這樣的需求,比如我想知道該條文獻被引用,引用的文章的list,那麼org-mode照樣有解決的妙法。

利用org-mode獨特的link方法,如下圖所示


圖中有doi:10.1007/BF02811644的鏈接,在點擊鏈接後會看到minibuffer處又出現了好多選項,分別是wos, citting articles, related articles, google scholar, CrossRef doi等等。點擊不同的選項,實現不同的功能,我依次介紹:
a. wos, 在瀏覽器中打開該文獻在web of science中的位置,Web of Science [v.5.15]
b. citting articles,在瀏覽器中打開引用的文獻列表。 Web of Science [v.5.15]
c. related articles,打開相關文獻列表,Web of Science [v.5.15]
d. google scholar,打開在google scholar中的位置。
e. crossrefdoi, 打開在CrossRef中的位置。

好吧,這樣搜索參考文獻等等是足足的了。
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4. 參考文獻的分類
在.bib文件中對文獻條目分類必要性不大,而在org-mode的筆記文件中對文獻分類那是再合適不過了。

4.1 利用標題進行分類
下圖為部分文獻的筆記條目。不同藍色標題的內容為不同的參考文獻條目,這樣就以大標題的形式對文獻進行了分類。

其實標題是可以摺疊的,點擊ctrl+tab,以上內容會變成:

其實標題是可以摺疊的,點擊ctrl+tab,以上內容會變成:

而其實將所有內容顯示後,是這樣的:

而其實將所有內容顯示後,是這樣的:

這樣顯示或者隱藏不同分類的文獻,閱讀性是不是很強。當然你還可以用 `org-narrow-to-subtree`來隱藏其他所有條目,只剩下該條方便記筆記。

這樣顯示或者隱藏不同分類的文獻,閱讀性是不是很強。當然你還可以用 `org-narrow-to-subtree`來隱藏其他所有條目,只剩下該條方便記筆記。

4.2 利用標籤進行分類
上圖右下部分有:@domain_theory:類似字樣,這在org-mode中被稱為tags。你可以對相同主題的文獻進行相同tags,這樣在你想至閱讀全部文獻的某個tags的條目時,只需要點擊該tags,如下圖所示:


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5. 文獻重要優先順序以及排序問題
在閱讀文獻的過程中,對文獻重要性的判斷排列很重要,那麼怎麼利用org-mode對溫度進行重要性分級呢。

如圖所示為一個文檔的條目,注意那個標題中的[#A],意思就是將該文獻定位最重要的A級,其餘還有B級和C級。對於按照等級對文獻進行排序等等,更不是問題。


看到圖中文獻標題中的年份了嗎?然後進行年份排序,那麼某標題分類下的文獻就按照年份排列下來,年份由於在標題的醒目位置,所以年份什麼的,一目了然。再也不用擔心忽略這篇文章的出版日期了!

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6. 如何閱讀與溫習文獻


這是管理文獻的核心內容,好不容易搜來的文獻你不閱讀,就讓它們一直在那躺屍么。。

6.1 分辨已閱讀和未閱讀

org-mode用todo和done來標記未閱讀和已閱讀。在你想下一步閱讀某條文獻時你還可以添加next,其實添加什麼都是自由的,你甚至可以添加killed。
這樣文獻閱讀與否,一目了然。


6.2 相似內容文獻的鏈接

在閱讀文獻時,往往會遇到互相引用的文獻,那麼有必要在記錄各自文獻條目筆記時互相引用下,這樣所有相關文獻就緊密聯繫起來了。方法呢,你可以通過以上的cite:rowe-1979-grain,來隨時鏈接相關筆記的內容和pdf,還可以6.3節所說的直接連接pdf至頁碼,點擊一下,就可以找到引用的pdf位置與內容。

同時還可以文獻文件內部引用,這樣操作就更方便了。

Ctrl-c l

點擊一次,既可記錄當前文獻所在位置。
然後移動到需要引用的位置,

Ctrl-c Ctrl-l

就完成引用插入了。


6.3 筆記與pdf頁碼的鏈接

相信大家在閱讀文獻做筆記的時候,往往想標記自己所做的筆記來源於文獻的哪個部分,或者哪一頁。普通的軟體的操作流程是,你只能打開pdf,然後根據自己筆記內容翻到那一頁,這還是會浪費一些時間的,更何況如果是閱讀一本厚厚的pdf專著呢,總不至於每次都狂翻吧?用org-mode呢,可以直接鏈接到pdf的那一頁,如下圖所示,點擊page1和page5的鏈接,你就可以直接到達pdf的第一頁和第五頁。其實這條連接還是可以修改,比如第一頁的哪一部分你都是可以添加的,用於提示該頁的重要內容。


6.4 文獻內容閱讀
在org-mode中做筆記時,除了以上各種交叉引用,各種鏈接之外,還有就是可以做圖片筆記。想想在閱讀文獻時,某一個試料的加工流程,某個結果的數據圖往往是文獻的核心內容,而用其他工具做筆記時,你不得不打開文檔,定位到圖片,然後問題內容,而用org-mode後,一個快捷鍵截圖,並顯示在你的筆記文件中。以後溫習時會省去不少麻煩。示意圖如下:

你可以標明這個圖在文獻的哪個位置,用以上介紹的方法。你可以在caption中說明這個圖的重點。
這樣你在後面溫習的時候甚至有時不用打開pdf了。


當然到這一步哪能完,如果需要在圖中進行標註呢,好吧,org-mode配合mspaint.exe再次實現一次快捷鍵截圖加標註功能,效果如下圖所示:

此處應該有掌聲。。

此處應該有掌聲。。

6.5 導出思維導圖
org-mode可以導出其他不同格式的內容,今天更新一張參考文獻導出到思維導圖的圖片:


完美導出,母節點子節點導出功能俱全。

完美導出,母節點子節點導出功能俱全。

待續,請期待更加精彩的內容。


個人推薦軟體組合:
文獻總結整理:Endnote
文獻閱讀:網頁版fulltext
做筆記
:Onenote

為什麼使用這幾個軟體?
因為這樣最符合我的需求

我們的需求是什麼?

1. 閱讀文獻的時候:

  • 排版舒服容易閱讀(網頁版和pdf都合適)
  • 不懂的內容,即時google(網頁版較合適)
  • 例如,內容中出現:「xxxxx[11]」。我希望馬上看看這個參考文獻[11]是什麼。pdf版太煩了——要拖下去找這個參考文獻[11],然後再滾上來,忘了剛剛看到哪了。這點(大部分文獻的)網頁版就很好,滑鼠虛指一下[11]這個鏈接,參考文獻的citation信息就顯示出來,再點一下,直接就可以打開這個參考文獻的頁面(如圖)。
  • 在內容中highlight關鍵部分:IE可用imarkup擴展;firefox可用wired-marker(如圖)。高亮記錄永不丟失,並可搜索。
  • 閱讀的同時做筆記:onenote可貼到屏幕右邊,記錄你的總結和火花。如果使用IE,onenote還可以自動記住你是在閱讀原文哪一段時做的這一句筆記。
  • 所以,我閱讀文獻採用網頁版筆記採用onenote

2. 做文獻整理的時候:

我對文獻整理軟體的唯一需求,就是能快速找到想要的那一篇/幾篇文獻。想找哪篇找哪篇,忘了關鍵信息也能找到,模糊檢索也能找到。想像以下場景:

  • 我想找那篇之前讀過的(標記已讀/未讀功能);
  • 2005年發表的(排序功能);
  • 分組在"Crystallography"組的(分組功能);
  • 曾被我標記了"mTOR"標籤的(標籤功能);
  • 忘了是題目還是內容中含有"pET28a"的(全文內搜索功能)
  • 的文獻

滿足所有這些功能的,我知道的只有Endnote和Mendeley(可能還有別的軟體)。我選擇了Endnote。另外,把Endnote文件放在OneDrive/Dropbox等文件夾里,還可實現同步。

綜上所述,我的選擇是網頁版閱讀+Onenote筆記+Endnote整理。


Docear


你們都好有安排。我從來不用軟體管理文獻,都是隨便看,看到好文章記下作者的名字,久而久之就記下了不少大牛的名字,以後直接搜大牛名字找文獻。
以前看文獻從來不關注作者是誰,後來發現老闆總是能準確的引用你去看那誰誰誰做的什麼工作。覺得好牛逼,要記住這麼多人都做了啥真是不容易。後來看的文獻多了發現自然就記住了。


2015-11-10更新
最近發現bing也有學術了,百度你去死去死吧

界面大致是上面這樣一種感覺

界面大致是上面這樣一種感覺

好的,說到整理文獻,用excel整理其實不錯
比如說現在要找一下針對一種中藥成分有哪些研究,這些研究又一般做些什麼實驗這樣的問題(應該算是一個挺普適的情景了)
那這個表格可以這麼設計
#|文章題目|實驗對象|體內/體外|建模方式|分組|觀察指標
然後根據文獻內容往裡面填空就好了

這樣子會看的很有目的性,看文獻會很快,然後也很容易對比,整合

這樣子會看的很有目的性,看文獻會很快,然後也很容易對比,整合

ps:圖片是我瞎弄的。吐槽一下,沉香這東西還能治病么?嘛,TCM博大精深非我等俗人可以理解

2015-7-18 更新
關於引文下載的兩個更新:
1. 雖然百度可以去死去死,不過國內的網路環境百度學術還是一個比較靠譜的選擇
http://xueshu.baidu.com
用過google scholar 的話用百度學術是沒問題的,基本上界面都差不多,引用那裡也可以下載各種文獻管理可以識別的文件
2. pubmed是可以直接下載引文的,居然最近才發現……

選中要下引文的文獻,send to,下面選擇citation manager。下載的文件endnote親測可以打開

選中要下引文的文獻,send to,下面選擇citation manager。下載的文件endnote親測可以打開
如果進入一個文獻條目以後也可以send to

3. 寫綜述,寫discussion經常會參照別人引用的文獻來進行引用。一般 作者名 + 雜誌名 + 年代在百度學術或者google scholar都能搜到。偶爾搜不到的話加上標題裡面的一些詞也行。
書籍的引文資料往往不是很全,經常會有明明全部都是從網上下載好了引文數據,但是引文格式還是不符合要求的情況。一般來說出問題的都是對於書摘的引用
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想起來就加一點:看到很多人推薦onenote,都是記筆記的軟體,比起07版的時代現在的onenote好用很多很多了,ios和mac上的也是免費的,和evernote相比各有千秋吧,知乎裡面另外有題目討論這個
OneNote 和 Evernote 應如何取捨? - 互聯網

個人最開始用的是07版的onenote,因為同步功能不行所以改用evernote,現在雖然發現onenote在這一塊進步了很多,但是也懶得切換回去了。想花花綠綠的話,evernote有一個sketch組件可以試試

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斷斷續續也看了很多文獻了,雖然沒發過幾篇文章,不過各種文獻整理的辦法都用到過,試試分享一下自己的經驗吧。

因為題主主要是問以前看過的文獻後面想用的時候怎麼避免找不到,我就主要從這一塊答吧。

先直接說我現在最喜歡用的,那就是evernote
對啊,這個軟體只能記筆記,雖然可以在pdf上做標記,不過無論是mac上的還是windows下面的都感覺怪怪的,不如acrobat自己的高亮功能好用,而且最重要最重要的是不能作為引文系統,為什麼要推薦呢?

第一點,你看文獻,找文獻,總要靠網頁瀏覽器吧,evernote在chrome上面有插件,按一下·,就是1左邊的那個按鍵就可以把當前頁做成筆記了,這個尤其在你覺得當前這個摘要挺有意思,應該用得著,但是一時間又搞不到全文的時候非常好用。否則你怎麼保存?把網頁存下來然後在文件名裡面註明為什麼要存這篇文章?還是用evernote抓下當前頁面,然後你可以在題目,在內容,在tag裡面想怎麼標註就怎麼標註。

pdf也可以用evernote存,有的時候pdf是直接在chrome裡面打開了,這個時侯也是用·鍵記錄,但是不推薦這麼干就是了,最好先存到硬碟,然後再把pdf轉存到evernote裡面。(有的時候雖然pdf全文都能顯示,但是evernote就是抓不進去,回頭你再想下載是件很鬱悶的事情)

第二點,當你回頭要找文獻的時候,你就知道evernote有多好用了。話說回來我用的是premium版的,不知道普通版能不能搜pdf裡面的內容。就算不能搜索,你只需要在pdf文件外面的筆記裡面好好註明,回頭都不怕找不到的。
不要想著依靠evernote裡面的筆記本做歸類,那就和用文件夾給pdf做歸類一樣不靠譜
tag是一個辦法,但是你能保證從頭到尾都用一致的tag么,你能保證前列腺癌不標成PCa,不標成prostate cancer,pst Cancer么。tag是很重要的,能加的話盡量加,但是只能作為輔助
其實標記文獻說到底就是怎麼用最短的語句說明白這篇文獻對自己有什麼用,不過這個也不好辦,因為畢竟初看文獻也不大清楚嘛,但是這篇文獻裡面你覺得特別的,在別的地方不見得能重複出現的,一定要寫下來

爛大街的結論,就算這篇文獻你回頭找不到了,還可以去google scholar搜,一抓一大把
但是這篇文獻特有的,特別的,那真的是不見得就能在其他文獻上看到了,自己文獻庫裡面找不到那你就只能回去網上重新找了。

哦,然後如果自己的文獻庫裡面怎麼也找不到你以前存過的那篇文獻的話,最好還是上網找。一來搜索引擎的演算法怎麼都比你自己的搜索方式要好,二來很可能你當時根本就沒存過那篇文獻。

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加一點:evernote在看文獻上面的優勢也是杠杠的,全平台支持,免費版也可以下pdf來看。當然了,如果要標註的話還是怪怪的。

以前用過papers這個文獻管理軟體,後來直接棄了,因為它的搜索真就一個坑爹啊,雖然這個軟體整合了引文功能,但是你能有endnote好用么?不能啊,你的windows版本有D版嗎,沒有啊,關鍵你能在手機上看文獻么?不越獄不行啊。對了,好像這貨還沒有安卓版。所以還是算了,雖然界面很酷炫,功能很強大,但是不適合就是不適合。

雖然題主沒問過引文管理(就是弄了一大堆文獻然後往word裡面插插插,插完以後按個鍵自動把[1],[2],[3]和後面的reference都給你做好的這個功能),我也順便說一下吧。

我的方案是google scholar+endnote
endnote自己也可以檢索,不過沒有google scholar好用

搜索界面

點一下引用

點一下引用

然後點endnote就可以下載引文數據了。國內文章投稿的話直接把gb/t那個拷貝出來放到word裡面自己寫引文都可以了,前提是引文數量不多,文章也寫的差不多不用改了。一般來說還是endnote格式把文獻數據放到endnote裡面,以後就你想怎麼折騰都行了啦

然後點endnote就可以下載引文數據了。國內文章投稿的話直接把gb/t那個拷貝出來放到word裡面自己寫引文都可以了,前提是引文數量不多,文章也寫的差不多不用改了。一般來說還是endnote格式把文獻數據放到endnote裡面,以後就你想怎麼折騰都行了啦


本文原文發布在簡書:http://www.jianshu.com/p/6bf14803dc99


文獻無疑是目前科研成果的最主要載體。在大家堅持不懈地灌水努力下,現在的文獻是越來越多,大有濤濤江河匯成大海之勢。然而,怎樣才能在大海里暢遊而不迷失方向?怎樣才能在海里釣到大魚呢?今天我就來介紹一下我個人的經驗。
1. Readcube——最好的文獻管理器

Readcube是近乎完美的文獻管理器,如果沒有牆而你又是付費用戶的話,它會更完美。

獲取地址:https://www.readcube.com/home?r_c=YH1En

文獻管理器是閱讀和管理文獻的核心,因而選擇一款好用的文獻管理器十分重要。目前主流的選擇包括ReadCube, Mendeley和Endnote。根據筆者自己的實際使用體驗,這幾種文獻管理軟體中最好的是Readcube。無論從美觀程度、功能性、平台覆蓋面上都有碾壓其他軟體的勢頭,缺點是略微有點卡頓。下面我來具體介紹一下它的主要功能和特色。


Enhanced PDF——PDF文件自動識別和強化

目前幾乎所有的文獻都是以PDF格式存在,對PDF文件的處理方式和識別能力直接決定了一款文獻管理軟體的好壞,而ReadCube的殺手鐧正是PDF自動識別。

當我們從期刊網站或者課題組主頁上下載了某篇文件的PDF文件之後,通過Readcube的導入按鈕,將文獻拖動到Readcube界面或者直接定位到文獻所在文件夾,就可以將PDF文件批量導入Readcube。一旦導入,Readcube就會自動識別文獻的具體信息。識別成功的文獻會在軟體界面右側顯示文獻的信息,包括期刊、編號、標題、作者、摘要等等。甚至會顯示該文獻的引用量。這樣,你的文獻就不再只是以PDF文件的形式存在,而是以信息完備,分類詳細的資料庫的形式存在。管理將更為方便。你還可以選擇將資料庫中的文獻自動按照作者、發表時間或者標題進行重命名,重新保存到指定文件夾中。


點擊閱讀按鈕,我們可以打開增強後的PDF文件。文獻中的所有作者姓名和參考文獻的引用上標都變成了可以點擊的狀態,點擊之後,可以直接跳轉到該引用文獻的下載界面或者作者主頁。而右側的一系列選項卡除了提供了參考文獻列表以外,還提供了很多非常有用的功能。比如Metrics選項卡,以圖表形式給出了該文獻的引用數隨時間的變化。下方給出了具體的引用文獻,直接點擊就可以下載。它甚至還能給出其他引用文獻引用該文獻時的具體描述。這一功能簡直是科研工作者做夢都想要的功能。當我們找到一篇我們感興趣的重要文獻時,只需要結合ReadCube提供的引用和被引用文獻列表,就能夠非常迅速的勾勒出一個文獻網路,一旦在這個網路中發現其他感興趣的文獻,只需要一次點擊(在你的學校購買了相關資料庫的情況下),ReadCube就能夠自動幫你從學校代理連接到期刊網站,甚至能自動幫你下載好,放入你的資料庫。理想情況下,全程不需要任何額外操作。文獻查找和下載的效率得到了極大的提升。


Files選項卡給出了PDF文件在電腦中儲存的位置,更重要的是,如果該文獻有Supporting Information,即使你沒有下載,Readcube也能夠在這個選項卡中顯示,點擊後就可以直接下載。而Cite選項卡則讓你能夠導出文獻各種格式的引用,方便在Word、PPT等軟體中插入。


Recommendations——推薦功能

Readcube另一個核心功能是自動化推薦,它能夠根據你文件庫中已有的文獻自動計算出你感興趣的文獻,推薦給你,同樣只需要簡單點擊就可以下載。而且它可以根據你導入文獻時創建的文件夾,針對性地推薦某一特定類別和特定時間段的文獻給你。這樣你就不需要費時費力地到網上檢索了。


All Platforms——全平台特性

相對於其他文獻管理軟體,Readcube的全平台同步特性非常強大。它幾乎覆蓋所有平台,包括Web、PC、Mac、iPad、Android等等。而且在各個平台上,Readcube的使用體驗幾乎一致,功能性並沒有損失。在網頁版上,Readcube還能夠自動列出文獻中的圖片和圖片標註,方便在閱讀文獻時定位到提及的圖片。

Readcube Web Importor——Chrome插件

Readcube Web Importor是Readcube新出的Chrome插件,付費用戶才能使用。通常,文獻需要將PDF文件下載下來,再導入軟體中才能夠進行管理,這個插件通過在瀏覽器中提供入口,將這一過程進一步簡化。當你打開Google Scholar或者Pubmed的時候,它會在頁面中的每個搜索結果後面直接加上一個按鈕,點擊以後可以直接將結果加入Readcube資料庫。而點擊插件欄上的按鈕,插件將自動識別搜索結果中的文獻,你可以通過勾選你感興趣的結果,將文獻直接批量加入Readcube資料庫中。這樣,你連下載PDF的時間都省了。


關於付費功能

Readcube的全平台同步和Metrics功能是需要購買按年付費的高級版的,高級版還提供一個付費功能是監控特定文件夾,有新文件後自動導入。新用戶可以獲得3個月高級版的免費試用,推薦十個人使用Readcube的話還可以獲得一年高級版。Readcube高級版的正常價格是55美金一年,但是黑色星期五之類的促銷季會打折。至於值不值,各位自己衡量啦。

2. Google圖片——進行直觀的發散式搜索

很少有人會喜歡閱讀滿屏幕的英文,尤其當這些英文中還夾雜著很多字典也查不出來的專業辭彙的時候。但是圖片卻不一樣。優秀的學術文章大多會有簡潔美觀的示意圖。通常情況下,看到這些圖片,你就能夠大致明白文獻的主題。人腦的強大之處在於形象思維和抽象能力。通常情況下,人們更能夠從滿屏幕的圖片而不是滿屏幕的文字中發現相關信息。從這一點出發,我自創了一種快速查找文獻的方法,那就是利用Google圖片。Google圖片搜索的優良演算法能夠很好的將相關或者近似領域的搜索結果顯示到一起。而且針對單一圖片,能夠進一步展示類似圖片。並且,相對於其他搜索引擎,我個人感覺,Google給予學術結果的權重更大。
下面我們以Self-assembly為例,來看看怎麼利用Google圖片搜索學術資料。


我們可以看到搜索結果基本都是簡潔明了的學術文獻的示意圖。大部分圖片我們不需要看注釋文字就可以大致猜出它要表示的內容。點擊排在前面的一幅圖片,這幅圖片來自nature網站,圖片標題下方給出了圖片的文字描述,我們可以根據描述進一步理解圖片表達的意思。而文字描述下方,Related images給出了類似的其他圖片,我們不需要離開當前頁面就可以進一步查看。而點擊View More,我們就可以查找和當前圖片相關的其他圖片,注意,這時候新的搜索是以圖片為基礎,而不需要輸入關鍵詞,也就是說Google可以根據你感興趣的圖片自動幫你聯想關鍵詞。這樣你就不要煞費腦汁的去思考用什麼英文單詞來搜索了。


這一系列看似簡單的功能,實際上使得我們能夠以一兩個關鍵詞為出發點,極其方便的構建一個龐大的搜索網路,而整個過程中,所有結果都是以圖片形式呈現,你甚至不需要輸入文字,只需要點擊滑鼠就行了。你所有的注意力只需要集中到對圖片想要表達意思的抽象判斷上。這無疑讓查找文獻的過程變得極為高效和簡化。

相關插件

搜索結果圖片中,前面的一排方形文字是安裝了Chrome谷歌搜索優化插件之後顯示的關鍵詞進一步精確化的建議,它能將原來網頁搜索結果上方的搜索建議進一步細化,並且以更美觀的形式呈現出來,同時以相同顏色表示相同類別的關鍵詞,方便識別。

同時推薦安裝Power Zoom圖片放大插件,按下Ctrl鍵,滑鼠移過圖片的同時可顯示該圖片的全尺寸放大圖。

3. 文獻訂閱

自從被Google拋棄之後,RSS訂閱服務似乎漸趨沒落,使用者越來越少。但是由於科研領域的特殊性,RSS在科研領域還是有它的用武之地,尤其是在文獻推薦方面。這裡,我介紹兩個新穎的RSS文獻推薦和訂閱服務。

一覽閱讀——新時代的最佳RSS閱讀器之一

作為一款本土應用,一覽是一個令人欣慰的存在。它界面簡潔美觀,提供瀑布流式的瀏覽方式。而且它自帶頗為豐富的訂閱源,除了可以訂閱專業學術期刊網站外,還可以訂閱很多泛科學領域的知名網站,如知乎、果殼等。可以說是目前國內RSS閱讀器最好的選擇之一。


SciReader
SciReader

是專註於學術領域的免費文獻個性化推薦服務。它的主頁面提供三個基本功能,一個是根據你設置的關鍵詞和興趣領域推薦相關的最新文獻給你,可以自動發送到你的郵箱,第二個是在tweeter上討論最多的文獻,第三個是來自Science Daily上的學術新聞。見面美觀簡潔,功能實用,是一個值得考慮的服務。


4. 瀏覽器插件

除了獨立的網站和軟體之外,有一些優秀的瀏覽器插件也能夠給我們的學術生活帶來很大便利。

Wiki2 or Wikiwand

Wiki2 和 Wikiwand 都是維基百科美化和功能增強插件。維基百科是目前最為龐大的網路百科全書,儲藏了海量的知識,但是界面卻略顯簡陋。這兩個插件的主要作用是給維基百科穿上漂亮的衣服,同時提供鏈接預覽、頁面收藏等增強功能。兩者的界面風格幾乎是兩個極端。Wikiwand是灰白色調為主的現代風格,提供平板和手機客戶端,而Wiki2非常絢麗多彩,並且,Wiki2在每個維基頁面還集成了Youtube搜索功能,能自動在維基百科頁面中插入相關的Youtube視頻。筆者個人更喜歡Wiki2。蘿蔔白菜各有所愛,各位自己選擇一個更順眼的吧。


Google學術搜索按鈕

這個插件是谷歌公司官方出品的,功能非常實用。當你打開某個期刊的文獻頁面的時候,點擊這個插件的按鈕,它能夠自動顯示頁面中文獻的谷歌學術搜索結果。如果有免費的PDF提供,就會有一個綠色按鈕,點擊即可免費下載文獻,不需要你的學校購買相關的資料庫。點擊引號還可以直接輸出參考文獻的引用,非常方便。


5. 寫在後面
必要的硬體升級

如果你的電腦還用著2G內存和機械硬碟,那麼這篇文章其實對你不會有太大幫助。因為相對於優秀軟體帶來的便利,更多的時候,你得忍受令人不悅的卡頓。如果你無法保持一個愉悅的心情,效率的提升就無從談起。我強烈推薦你升級到8G以上內存,並且至少將系統盤換成SSD。即使你的老闆很摳門,需要你自己掏這筆錢(500元以內)。
另外,如果你需要經常碼字,我推薦你給自己裝備一個機械鍵盤,它能讓你愛上打字的感覺。

付費軟體的價值

大部分好的軟體是免費的,但是它們的增值服務是收費的。這也是絕大部分優秀軟體公司的生存方式。中國用戶在使用這些軟體的時候,很少考慮購買增值服務。也有一些即使有購買的意願,也會受到支付渠道的限制。雖然不是每個人都需要增值服務,但是我希望當你真的需要的時候,不要猶豫。

我寫過一些相關文章,推薦給大家:

  • http://www.jianshu.com/p/d09838e9b72c
  • http://www.jianshu.com/p/f411bcf5d664
  • http://www.jianshu.com/p/6bf14803dc99
  • http://www.jianshu.com/p/851100273d7a

NoteExpress重度用戶,有豐富的使用經驗。感覺NE比EndNote做筆記方便太多,標籤也是一大特色。弱點的話,好像文獻搜索和下載不夠強大;不過,現在養成習慣,先導入題錄,再導入附件(可以設置自動根據題錄名重命名附件文件名)之後,感覺用起來也很順手了。
回頭上個界面截圖。
我的NoteExpress界面:


臨時下了個Skitch,用得不熟,隨便塗了塗,湊合看吧。。。


PS,馬上畢業了,就要遠離科研了,以後可能再也不用NE了,竟然感覺自己的使用經驗特別可惜。。。
PPS.:平時很容易陷入搗鼓軟體的時間黑洞無法抽離 /大哭,也很熱衷於分享些微搗鼓所得。所以,歡迎交流 ~^_^~

~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
再補幾張圖吧。
我認為用好NoteExpress的一個關鍵在於,你要習慣先導入題錄再導入附件的flow。或者可以這樣理解:你先完善了一篇文章(可以狹義理解為pdf文件)的「ID」信息,然後讓NE幫你把這篇文章的pdf文件放到對應的位置去。

Step 01:在文獻資料庫網站找到「export citation」選項,導出題錄文件,一般都是支持導出為EndNote格式的,選擇這個就可以了,NE是可以識別的。此處示例為ScienceDirect,其他資料庫類似。

Step 02:NE界面,Ctrl+M鍵,打開導入題錄對話框,選擇剛剛下載的題錄文件,選擇對應的過濾器(偶爾會出現過濾器不正確的情況,可以多試試其他過濾器;話嘮一句,其實題錄文件可以用Notepad打開,很容易就可以明白過濾器或者題錄文件的格式只是指定了不同欄位對應的題頭標記)。這樣就可以導入題錄到NE了。

Step 02:NE界面,Ctrl+M鍵,打開導入題錄對話框,選擇剛剛下載的題錄文件,選擇對應的過濾器(偶爾會出現過濾器不正確的情況,可以多試試其他過濾器;話嘮一句,其實題錄文件可以用Notepad打開,很容易就可以明白過濾器或者題錄文件的格式只是指定了不同欄位對應的題頭標記)。這樣就可以導入題錄到NE了。

Step 03:導入附件。ScienceDirect下載的附件文件通常是一堆字元,別擔心,NE可以幫你自動重命名。

Step 03:導入附件。ScienceDirect下載的附件文件通常是一堆字元,別擔心,NE可以幫你自動重命名。

(注意設置項的最後一行。其他選項,我比較建議的是移動附件要勾選。可以自己弄個三五篇文獻的NE資料庫隨便倒騰,直到明白區別在哪兒。)

(注意設置項的最後一行。其他選項,我比較建議的是移動附件要勾選。可以自己弄個三五篇文獻的NE資料庫隨便倒騰,直到明白區別在哪兒。)

下圖是自動重命名的效果。同時可以看到題錄前面多了個紅色的小方塊,這是該題錄有對應附件的標記。粉色的小方塊表示該題錄有對應的筆記(參見前面的截圖)。

下圖是自動重命名的效果。同時可以看到題錄前面多了個紅色的小方塊,這是該題錄有對應附件的標記。粉色的小方塊表示該題錄有對應的筆記(參見前面的截圖)。

Step 04:來個預覽吧。在細節里可以更改題錄細節;左上方的鎖標記,不妨自己試試看是什麼功能哦。「筆記」選項卡標出了字母「N」,所以Alt+N鍵即可快速切換到筆記選項卡;其他同理。

Step 04:來個預覽吧。在細節里可以更改題錄細節;左上方的鎖標記,不妨自己試試看是什麼功能哦。「筆記」選項卡標出了字母「N」,所以Alt+N鍵即可快速切換到筆記選項卡;其他同理。


到這裡就可以愉快地做文件筆記啦。基本這樣。
Ctrl+Shift+1/2/3/4/5分別可以快速設置當前選中文章的優先順序為低~高。
Ctrl+T可以快速打開當前選中文章的標籤對話框。

NE同樣可以滿足EndNote在Word文檔里管理參考文獻列表的功能,摸索摸索就熟了。
另外,我在上手NE的過程中,還用過的一些功能包括:無法添加NE選項卡到Word的手動解決方案、通過更改欄位實現批量更改題錄類型、批量自動更新完善題錄信息、批量附件鏈接修復、手動修改/定義某一期刊的參考文獻樣式。暫時先想到這些,如果你能看明白這些問題,熱烈歡迎交流哈 ~^_^~

實踐是王道!先找10篇左右的文章,建立一個資料庫,隨意折騰,把一些感覺可能會用到的功能都試過來,也就熟了。學習成本是有的,不過學完之後生產力是會提高不少的,尤其是對於要在科研界三年以上的筒子 ~^_^~

PS:我的NE資料庫,包括題錄文件和附件全都是保存在雲盤(金山快盤)上的,兩台電腦之間保持同步。很好用。

PPS:知乎回答的格式編輯起來不太容易,或許是我太low本來就沒答過幾題。。。有些截圖截的時候沒太在意,就這樣吧,可能會有相關我本人的信息,請不要肆意人肉。。。對大家有幫助,我就很開心啦,哈哈~


其實文章分3類,管理方法是不同的。
1. 獵奇向,比方說cn上的科普文章,開會的會議紀要,看過就算。
2. 專業方向精讀的文章,也就十幾篇,打出來放在桌邊就是了。
3. 專業大範圍的發散性文章,這個最難管理。。。
(我一般是每篇文章記一個或者兩個對你也有用的關鍵詞,扔endnote的research note裡面)


(四圖)題主您好,我以心理學綜述類論文寫作為例說一下文獻的整理工作吧,這個方法應該也對其他學科資料的整理有些幫助。

需要的工具為EndNote(文獻管理軟體)和Mindmanager(思維導圖)。

心理學的綜述類一般分為引言、概念、維度和量表、相關因素、影響因素、解決措施、總結和展望這9個部分。

因此,我們可以

1、在EndNote里建立綜述這個group set,9個部分的group。當你看到屬於這9個部分中某一部分的文章,就把該文章歸類到9個group里的相應分類(有利於在引用該部分的時候快速定位這篇文章);如果這篇文章中有很多可取之處,也可以把這篇文章拖到不同的group里,EndNote支持這一功能。

如果某篇文章有很多部分都比較有用,就可以按重要程度給它們評分,到時候根據rating就可以直接鎖定重要的篇目。


或者建立一個「10重要篇目」的group來放重要文章也行。

2、利用Mindmanager保存文獻的關鍵內容。把這九個部分作為一級框架,沒有二級框架時,就直接建立「XX作者,XX年」(這樣能在需要引用時,快速從EndNote索引,比如按年份排列),然後把自己需要的該論文的內容用截圖軟體抓下來(我一般用「screener_plugin」,快捷方式放在任務欄上,方便抓取),直接複製到「XX作者,XX年」的框架後面。

以社會支持的綜述為例,如果一級框架(維度)之後有二級框架(如情感支持),就以「XX作者,XX年」作為三級框架,抓取內容複製在其後即可。

而且,思維導圖每一個框架都是可以摺疊的。因此,如果某個框架太佔地方,就可以暫時將它摺疊。


這樣一來,我們既抓取到了每一部分所需要的文獻,省去了尋找文獻關鍵部分的時間;也能夠一邊寫一邊用EndNote插入引用,避免了寫完論文後複雜的排版工作。


.看文獻必備神器
有E-study和Endnote
1.E-study是知網出版的,界面為中文,缺點是無法生成英文引用格式,但可以通過先插入題錄再關聯文獻解決。

2.Endnote為全英界面,剛開始很難用習慣,沒有人教會比較困難。

不過目前有中文界面的Endnote了


挑揀自己想要的文獻,然後整理


寫論文少不了要參考文獻,那麼文獻繁多複雜,如何總結和整理學術文獻呢?

首先做一個課題首先是要看專利的
這是我的經驗之談。通過研讀專利正文,可以體會申請人的研發思路;研讀專利權要求,可以少走彎路,還可以找出未覆蓋的漏洞,進一步提出自己的專利;有的專利還有參考文獻,可以了解這個專利的來龍去脈。

其次「注意文章的參考價值(讀狠的東西)
刊物的影響因子、文章的被引次數能反映文章的參考價值。但要注意引用這篇文章的其它文章是如何評價這篇文章的:支持還是反對,補充還是糾錯。

最後多數文章看摘要,少數文章看全文
掌握了一點查全文的技巧,往往會以搞到全文為樂,以至於沒有時間看文章的內容,更不屑於看摘要。真正有用的全文並不多,過分追求全文是浪費,不可走極端。當然只看摘要也是不對的。


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博士生畢業時要寫的「畢業論文」和之前發表在期刊上的「學術論文」定位有什麼不同?

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