博士生畢業時要寫的「畢業論文」和之前發表在期刊上的「學術論文」定位有什麼不同？
是要留一份母語寫的詳盡版給自己的學校和祖國么？
是為了人類遇到什麼重大災難時不至於造成知識的集中毀滅么？
是考慮到期刊對論文的字數有限制怕作者意猶未盡么？
是因為期刊對實驗結果通常有較大割捨么？
.....
為什麼要在畢業論文上把寫過的東西再擴寫一遍？為什麼要有字數要求...
最近剛提交博士論文的來答一發。
博士生在讀博士的過程中，博士論文的題目大概是經歷一到兩年的上課和探索在第二/三年確定的，其中要經過一個類似考試的東西，國內似乎叫開題報告？國外叫Qualify Exam。不同學校要求不盡相同，我的學校是在QE上向三位老師展示你在前一年半到兩年探索期的初步成果，並探討未來兩三年的研究計劃。
之後就在你的博士論文題目下開展研究，由於做博士論文一般耗時都在三年以上，而研究的結果又需要及時的發表公布讓同行看到（免得被同行搶發），所以一旦有了足夠的階段性成果，就會寫成期刊論文投遞給合適的雜誌社發表。
當階段性成果足夠多，可以支撐起博士論文的題目的時候，就可以把前面發表過的階段性成果整理到一起寫成畢業論文，答辯畢業啦！
所以說，博士畢業論文是你在讀博士的幾年間圍繞你的博士論文題目開展的研究的集合，章節與章節之間是有邏輯聯繫的，講究全面性和連續性；而期刊論文則是一些階段性成果，講究時效性。
============割一下=============
拿我自己的論文做個例子，我傳到onedrive和ResearchGate上自己開源了（學校開源竟然要掏90刀 = =）（26M，沒wifi的就別點了）
OneDrive: Chuyang Cheng_PhD Thesis_Merged_Final Version
ResearchGate: Design and Construction of Artificial Molecular Pumps (PDF Download Available)
我的博士畢業論文題目是」設計和構造人工分子泵「，一共分為六個章節，分別對應六篇期刊論文。
第一章是一篇綜述，對應的期刊論文是ChemPhyChem的一篇MiniReview（Wholly Synthetic Molecular Machines），介紹了分子機器這個研究領域的歷史發展，一些基本知識，面臨的問題，近期的研究動向和熱點，以及未來的挑戰等等。
第二章到第五章都是原創的研究結果。
第二章對應JACS的一篇Article（Relative Unidirectional Translation in an Artificial Molecular Assembly Fueled by Light），這篇文章我是第二作者，第一作者是我師兄，當時師兄畢業了，我接手過來，在做的過程中獲得了靈感設計了後續的工作。這個章節中描述的研究結果是我第一次嘗試設計和構建人工分子泵，相當於原型機，姑且叫Mark 0吧。從結果中我發現了一些問題在當前的體系（給受體donor-acceptor系統）下難以解決，於是決定換一個新的體系（自由基radical體系）設計Mark I。
第三章對應JACS的一篇Article（Influence of Constitution and Charge on Radical Pairing Interactions in Trisradical Tricationic Complexes）。這一章里我系統的研究了新的體系，設計了多達18個不同的分子來觀察結構對他們物理化學性質的影響，這一章的結果對後面分子泵的設計提供了不少有用信息。
第四章對應JACS的一篇Communication（Energetically Demanding Transport in a Supramolecular Assembly），這個章節里我把第三章里研究的新體系引入了分子泵Mark I的設計，證明了用新體系可以實現主動運輸（active transport）。
第五章對應Nature Nanotechnology的一篇Article（nature.com 的頁面），是整篇博士論文的核心。這個章節里我把前面第二到四章的結果和經驗總結起來，經過多次嘗試，設計出了一個能連續運轉兩個循環將溶液中的環番分子主動運輸到高能位置的人工分子泵Mark II，呼應了博士論文題目」設計和構造人工分子泵「。
第六章是個總結，對應ACS Nano的一篇Review（http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acsnano.5b03809），總結前面的工作，提出新的挑戰。
各個章節之間有邏輯關係並都為論文題目服務。相關度不大的期刊論文就沒有收錄進去。
PS. 我當年QE給評審老師開了三個腦洞，我的整篇畢業論文只把第一個腦洞做了一半，深深感到自己給自己挖了個巨大的坑。。。
============再割一下=============
由於六個章節分別對應六篇期刊文章，所以我的博士論文寫作其實並沒有額外花太多時間。只需要把寫好的期刊論文拿來改變一些語句（比如期刊中的」我們怎麼怎麼樣「都要改成」我怎樣怎樣「），調整部分內容的順序（SI的一些內容挪到正文里），按畢業論文格式排版（這個花的時間最多 = =）。要是國內博士的話就得重寫成中文了，估計要花不少時間呢。
好久都沒在知乎上碼這麼多字了。。。1、工作量不一樣
我看了不少美國的博士論文，裡面就是幾篇期刊論文裝訂在一起就搞定了。（這裡說裝訂誇張了點)
博士論文是要解決謀個一問題
而期刊問題是在解決這個問題中的一些進展。例如圍繞這個問題，有很多小問題，每個小問題都可以寫一個期刊論文。例如圍繞這個問題，發明了什麼工具，或者研究了某種新方法。這些都是。
2、時效性
期刊論文發表有時效性的，publish or perish是個永恆的問題。而博士論文3-5年才能整出來，過程的成果必須及時發表，不然別人發表了，你就麻煩了。
3、完整性
這條恐怕更針對國內，國內對期刊論文的頁數是有限制的，一篇不超過4-6頁，這樣在期刊論文裡面就有很多東西說不清楚。（我比較反感這點）
在博士論文裡面，就可以寫得很詳細，把來龍去脈說得清楚一些。
期刊論文更重要的是發表結果。
而博士論文的最主要目的是申請博士學位。證明自己有獨立從事科學研究的能力。
畢業論文是攻讀博士學位期間你對所在領域作出貢獻的總結，也是你有資格獲得博士學位的證明，內容上更系統、全面和完整。感覺很像一本書，起因經過結果什麼的你得把故事講明白。
對於畢業論文、答辯的要求各國各校各專業採取的系統不同。@徐騰飛 老師所說的幾篇期刊論文裝訂在一起的情況，在澳洲這邊叫做 thesis by publication：在這種情況下對 published 或者 accepted 的本人為第一作者的期刊文章數量有較高的要求，我所在的理論生物領域通常是4篇，而實驗類的會到6篇左右。這在發表一篇期刊文章前後輕易能耗上一年，而學位總時長盡量不超過四年的體系限制下，是挺不容易做到的。
這邊學生通常採取的做法是期刊文章能發多少發多少（當然有時效的考量），但不強求by publication的形式（畢竟按時畢業比較重要）。畢業論文以章節為單位：已發表的自然底氣足一點，審的人也不會浪費太多時間在這些章節上；而未發表過的章節可以在交了畢業論文之後慢慢投，我知道的很多人是在之後做博士後期間才騰出精力在期刊上發表之前的成果。
至於完整的畢業論文，大概是印好供一份在學校圖書館，供一份在家裡吧......關於發表畢業論文的程序就不大了解了，期待有人解惑。國內的博士論文純屬浪費時間把自己發表的論文翻譯成漢語。這種東西估計沒人會看。
這裡不談摳字眼的概念，只是我的理解。
博士論文也是要發表的，只不過不是在期刊上而已。期刊上發表的文章必然不夠全面，這種文章的目的主要還是介紹你的重要實驗結果，輔助性的結果陷於篇幅要放在補充材料中或者直接捨棄。除此之外，介紹實驗結果的論述結構可能也與實際的探究思路不符，甚至前後顛倒。
畢業論文重在全面詳細的介紹你的試驗工作，要涵蓋你幾年的工作，實驗思路，實驗步驟，實驗材料都要求非常詳細，一般實驗室在實驗技術上的傳承會依賴於這些博士論文。
除此之外，一篇畢業論文的內容可以包含多篇期刊雜誌的實驗工作。這可能是最明顯的區別。
完全是不同滴的東西好么？！
除了極個別專業或者學校允許將發表的論文合訂於一本博士論文外，大多數博士論文需要提供一條清晰的邏輯線，而其目的就在於將自己的研究內容完整地，清晰地展示給讀者。往往會擴充原有論文的很多知識，以及具體操作等不適合發表在期刊的內容。
於是期刊論文的重點在於，你的新發現，新認識。不求完整，但一定要有獨特性和新穎性。而且，期刊論文的展示往往有嚴格地字數，思路，和格式的要求，於是就無法提供讀者一個全面的認知了。
目前而言，國內太重視論文發表而輕視畢業論文有點本末倒置了。其實，怎樣的學生才能授予博士學位是個值得大家思考的問題。是發表幾遍IF的論文，還是為人類的智慧做出獨特的貢獻的人？首先，由學術論文到學位論文並僅僅不是字數上的差別。要學位論文換成期刊論文，你必須要注意的地方有：
文章長度：期刊論文比學位論文短很多，因此需要比較緊密的架構跟緊湊的風格。學位論文可能長達百頁超過兩萬字，但期刊論文根據領域常規和期刊規定，大約在 3000 到 6000 字之間。因此，論文的每一個章節都需要大幅縮減，通過內容精選和改寫來減少原本的學位論文內容，記住不要複製粘貼。這裡的關鍵是挑選和改寫：你需要特別小心，保留研究的精髓，拋棄不必要的細節。
摘要：期刊論文的摘要一般介於 150 至 250 字之間。但學位論文的摘要比較長，大概是 350 字。仔細閱讀目標期刊的規定，有些期刊會要求結構式摘要，而有些不會。最近也越來越流行圖片摘要和視頻摘要，有些期刊可能會要求。
前言：學位論文通常有比較詳細的前言，因為學生需要展現出自己對領域內既有文獻的熟悉度，在前言進行廣泛的文獻回顧。但在期刊論文中，文獻回顧比較簡潔，只要包含可以帶出文獻與研究間差距的信息就可以了。如果你的學位論文包含了多個研究問題，在期刊論文中要壓縮成一個主要的研究問題。
方法：學位論文的材料與方法章節通常對研究切入點和方法進行廣泛的討論，但期刊論文需要比較節制的方法敘述：你只要敘述使用的方法的細節、進行的實驗，不需要對研究切入點進行完整的討論。
結果：學位論文會將所有的結果詳盡的寫出來，但是期刊論文只要寫出主要發現就好。事實上，因為學生經驗不足或是過度解讀，他們在學位論文中的結果經常不夠有力。不過，期刊論文有嚴格的報告標準，應該只報告跟研究問題相關的結果，並提出有力的支持論據。如果需要的話，可以將次要發現放在補充材料中。
討論：學位論文的討論章節依然是比較詳細，對每一個結果都提出完整的闡釋，顯示出學生對自己的數據有全面的了解。此外，學生還需要在學位論文中表示自己的未來研究方向。期刊論文的討論章節則要清楚到位，不要在這個章節重複前面已經說過的研究結果。
參考文獻：學位論文通常有很長的引用清單，有時候甚至有目錄。不過，期刊論文的引用數量有限，參考文獻章節只包含文章中引用過的工作即可。有些期刊甚至會規定參考文獻上限。還有，學位論文里通常會有 Definition 章節，但期刊論文不會有。
傳送門：將學位論文轉成期刊論文
畢業論文想看的是你為什麼做了這些東西，他們和前人做過的東西有什麼聯繫，自己相互之間又有什麼聯繫，最後會導出什麼結論和方向，在前後更加側重big picture，同時會照顧一般讀者的知識水平來寫intro（有些國家的thesis要求是一般大眾能讀懂的）。中間章節上則會有更多雜誌文章上沒有的具體數據和細節。
雜誌上的article和communication之類的更強調單個project故事講圓了，背景和結論上更多是寫給本方向背景的人看的，很多無關緊要的細節就可以忽略了，數據該概要也得概要因為有排版限制。比如我thesis里放了一個6頁長的圖，這在任何雜誌里都是不可能的。
智障的窩寫論文的時候因為做的兩塊東西差距太遠，開了N多腦洞才把它們聯繫在一個背景下，最後標題巨長……臨走老闆問我你要不要列印一個燙金本帶著，我說還是算了，內心吐槽這坨玩意20年後打開看一定有種謎之羞恥感，跟現在看小學日記一樣……
博士生畢業時要寫的「畢業論文】是體現了你這幾年所學到的東西，是需要求證和實驗的
--------------------為什麼要按各種規範寫學位論文---------------------
其實這些都不必需，
博士論文的唯一要求是：通過雙盲評審。
而格式和寫法並不是其中必需的東西，
如果你論文足夠牛掰，
隨便怎麼寫也可以三A。
---------------------------為什麼（國內）博士論文有各種規範-----------------
------因為學位論文是要負責掃盲的，
即寫給對細分方向並不太了解的人看的。
中文博士論文通常的寫法：
1、緒論（講選題和學科大類的相互關係）
2、國內外研究進展（文獻綜述，寫給師弟師妹們看的，科研入門利器）
3、小論文1、
4、小論文2、
5、小論文3、
6、結語（研究心得、下一步研究計劃）
7、引用文獻
8、致謝
除了Three essays on XXX (引自Sean Liu的回答) 的內容，大論文增加了緒論、文獻綜述、結語等內容。而這些內容都是方便其他人跟進研究用的。
任何一個本科生、碩士生、博士一年級生，選科研方向的時候，最好的方法是去找一個綜述。
這個時候找一個相關方向的學位論文看看，是最快最好的方法。
【相信題主當初也一定看過別人寫的中文博士論文，並因此省下的大量時間】
中國總體上是科技落後的國家，按照規範些博士論文，方便後人跟進研究，提高研究效率。
是提升國家研究水平的有效途徑。
----------------------最後回答題主第一個問題----------------------
Q：是要留一份母語寫的詳盡版給自己的學校和祖國么？
------是的，這是國內博士的一個天然的義務。
我們系就是三篇論文裝訂下，取名字叫Three essays on XXX 就行了…論文可以是已發表的，也可以是未發表的，但已發表的根據版權法要取得出版社的授權（發表時另有約定的除外）…隔壁經濟系也是這樣…
所以至少從鄙校的情況看，兩者並沒有區別。
至於有的答主說博士論文要更系統，恕不能苟同。如果「更系統」的部分是前人說過的，那麼本來就不用再說一次；如果「更系統」的部分前人沒說過，那麼難道期刊論文就不應該包括？博士論文碩士論文可以留給師弟師妹看，給他們作為參考~好多實驗室都是流水作業，做完這個做那個，就是換個東西，實驗的思路都是一樣，連做出來的數據有哪些有差不離~
工科背景，研究方向偏控制理論的工程應用，談談自己的感覺。
首先得說比較尷尬的一點，就是本人讀博士期間寫的幾篇學術論文，總共涉及了三種控制範式，而最後的畢業博士論文只跟其中的一種有關。這導致我覺得自己很虧/(ㄒoㄒ)/，最終的博士論文水平也不算高，好在工科對理論也沒那麼高要求，也成功畢業了(⊙o⊙)。
這裡只談畢業博士論文和相關的學術論文之間的關係。
在我們這個比較傳統的學科，學術論文要發表，最重要的是表達自己的新的思路，有些學科那種「我們試了N種其他人給出的方法，最後一種方法有效」的實驗性研究在我們學科是發不了學術論文的。
所以學術論文里所有的論述都是圍繞這個「新思路」為核心進行的。其他部分，都只是輔助，是論據。
而畢業博士論文則要體現你有獨立做學術研究的能力，我們學科重實驗結果，所以從有思路到如何搭建實驗的平台，為什麼用這種方式實現實驗環境，實驗中是如何控制變數的，最終的實驗結果可重複性如何。未來可能從哪些方面強化這個思路，優化結果，以及新思路有哪些潛在的問題，在博士論文中都要有所體現。這感覺，就像是把你博士幾年做的研究寫一篇小說，要深入淺出，面面俱到，還要突出重點，起承轉折，最後要邏輯貫通，完美結局。
單純從包含關係上來說，博士論文囊括了學術論文的所有內容，同時博士論文還附加有研究的實現、研究的對比過程，研究的遺留問題等內容。學術論文讓全天下的人知道你幹了啥，博士論文則讓實驗室師弟師妹知道你是怎麼乾的，有哪些tips，以及未來自己可以在哪塊做一做。
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用以前看到的論文和紅燒肉的笑話打個比方。
學術論文： 我們看了別人的配方，忽然想到炒紅燒肉時用鍋鏟炒幾下和壓一下交替進行可能會更好吃，所以我們做了口鍋，用市面上買的XX牌豬肉做了一盤紅燒肉，和之前其他用XX牌豬肉做的紅燒肉對比發現，我們的紅燒肉確實好吃。我們這個方法有效。
博士論文：我們看了別人的配方，忽然想到炒紅燒肉時用鍋鏟炒幾下和壓一下交替進行可能會更好吃。所以我們做了口鍋，這個做鍋是用傳統的鐵做的，沒有使用合金材料，不過為了方便後面鍋鏟操作，我們的鍋做的比較平；鍋鏟是買的，因為全世界的鍋鏟都差不多，認為不用自己重新做一個。然後我們用市面上買的XX牌豬肉做了一盤紅燒肉，和其他用XX牌豬肉做的紅燒肉對比發現，我們的紅燒肉確實好吃。
更進一步的嘗試發現，發現在炒的時候，炒了4下壓一下可以獲得最好吃的口感，這個比炒三下壓一下和炒兩下壓兩下要各好出多少百分比。
我們還嘗試使用了別的牌子的豬肉，結果差不多，我們這個方法口感還是和穩定的。
以前的人炒肉有先大火後小火和一直開大火兩種方法，我們這個方法炒肉的時候要特別注意，一定要先大火後小火，為啥呢，因為blabla。。。
我們這個方法由於多了一個壓肉的過程，最後炒出來的肉相對於傳統方法容易炒黑了，這就是為什麼我們之前專門造了一口比較平的鍋的原因。
未來我們打算更進一步深入研究紅燒肉，包括：能不能讓肉不那麼黑；以後除了加糖，還要加迷迭香，看看能不能提高口感；怎樣更快的炒出一盤紅燒肉；以及如果自己養豬，如何從豬場管理方面提升肉質，以便於讓豬肉更適用於我們這個方法炒出來的紅燒肉。
: - )
國內文科博士的回答：畢業論文最好是自己感興趣的（否則很痛苦），發表論文最好是別人感興趣的（否則發不了）。
小論文是一盤精心烹制的菜，大論文是一頓宴席
首先，我們學校是容許寫英文的，不然純粹把自己的文章翻譯成中文，沒有啥意思。。。所以，lz最後一點不適用。。。
其次，引言很重要，是要求綜述整個領域的發展和進展。我想所有評審的人都會通過這個內容，來進一步了解知道作者的水平了。事實上，有些人可能論文發表得很好，但往往是因為導師的非常厲害下，所以綜述是一個PhD最直接的反應。我也幫人審過博士論文，也是主要看綜述寫得如何，寫的全面且透徹的，一般水平不會低。
再者，我們基本都是在已經發表的論文基礎上，擴充一些內容。比如正式發表論文，不可能寫得非常詳細，各種複雜的計算過程，以及繁瑣的推倒，都會省去，而這些很重要的內容都可以放到畢業論文里。我們圈裡的「潛規則」就是，博士論文要詳細的寫清楚計算過程（我們是理論物理，對其它方面不敢說），然後，未來有人對你的工作感興趣時，可以通過閱讀你的博士論文，一步步學到你的技術和思想。我想，這才是對整個圈子的貢獻。歐洲很多地方，也是如此。
最後，對個人而言，博士論文是一種儀式性的總結，看看這5年到底幹了啥，展望一下未來之類的。
四百頁vs十頁
發表論文只是階段性的總結，而畢業論文是博士生涯的總結。通過撰寫畢業論文，你會對所研究的領域有更加系統的理解，把點連成線，線再形成面，最後自己要成為這一個小小領域裡面最熟悉的人。
前面高票答案寫的很詳細啦，我想在這裡寫一下我看到的東西。
今年實驗室里有一位師兄在6月份博士畢業答辯。作為師弟，在大師兄寫博士論文的時候也給他幫了一點忙，之前也接的他的方向，對他之前發表的文章以及做的項目有了一個大致的了解。我感覺，（在我這個微波與天線方向）博士畢業論文可以說是對之前讀博期間所做創新工作的總結。
（大師兄的）博士畢業論文大致分成這幾部分：前言與文獻綜述，他的第一個項目（發在了EL上面），第二個項目（發到了MTT上面），第三個項目（PRL在投）以及第四個項目（MTT在投），最後是參考文祥等東西。
他在那些期刊上發表的文章，我也閱讀過，期刊上發表的文章，限於篇幅，不可能講的很詳細，只是大致介紹一下所作方向的進展，然後是重點講自己的進展，即便是自己的貢獻，也只是力圖用最少的文字，最簡潔的公式描述最多的成果。因此，期刊更偏向於發表新的成果，講求實效性，而並不偏向十分具體地描述成果。
而他寫的博士論文，是描述他在這5年以來的成果，是用這篇文章來申請博士學位的。為了能向答辯委員會證明自己有資格獲得這個學位，他需要詳細描述自己的成果，詳細介紹自己的貢獻。在博士畢業論文裡面同樣會包含之前他在期刊上發表的成果，至少是與博士畢業論文主題相關的成果，但在描述上與期刊有著不小的差異。博士論文傾向詳細描述成果，詳細到對文獻綜述的要求要高於期刊上發表的paper，詳細到要具體推導成果的關鍵公式，詳細到要具體描述實驗流程以及實驗成果的分析。大師兄在期刊上最多10頁的成果，放在博士論文裡面就會擴展到20頁，力圖儘可能清晰地向答辯委員會說明自己的成果。
而前面高票答案上所提到的連續性，在大師兄的文章裡面，我感覺有所弱化，這個可能與導師強調的方面有所關係。我們的老闆強調工程性，課題組擅長在完成項目中發掘問題，並予以解決，因此做的成果通常會圍繞一個大方向，但會分散在不同的小方向上。因而從這個角度出發，連續性就會變得較弱，這類文章更像是成果集中彙報展示。或許這類文章應該並不少見，我在閱讀天線方向的畢業論文的時候，就會時不時發現這類文章：博士期間做了三四個有創新性的天線，而基本原理並不一致。
而對字數上的要求，我們老闆其實要求並不高，他強調創新性。他的要求體現在，只要是自己的成果，哪怕碩士畢業論文只有四十頁，但這四十頁完全都是自己的成果，這也是一篇優秀的碩士論文；博士畢業論文自己的工作如果只寫了六十頁，但只要這六十頁的工作含金量足夠高，這也是一篇優秀的博士畢業論文在，比那些堆砌字數的博士畢業論文要強不少。
這個還是有區別的，不過畢業論文還是可以用來發表的
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